在商标纠纷处于诉讼阶段时，行政机关一般不能就同一商标纠纷再立案处理，但存在特殊情形。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情形：行政机关不重复立案
在商标纠纷已经进入诉讼阶段后，通常意味着该纠纷已经通过司法途径进行解决。根据“一事不再理”原则，即同一纠纷或案件，在经过一次正式的法律程序（如诉讼）处理后，不应再次被同一或不同的机关重复处理，以避免司法资源的浪费和法律秩序的混乱。因此，在一般情况下，行政机关不会就同一商标纠纷再次立案。
二、特殊情形：行政机关可能立案的情况
尽管存在“一事不再理”原则，但在某些特殊情况下，行政机关仍可能对商标纠纷进行立案处理。这些特殊情况主要包括：
诉讼程序未涵盖全部争议点：
- 如果诉讼程序仅解决了商标纠纷中的部分问题，而未涵盖全部争议点，那么行政机关可能就未解决的争议点进行立案处理。例如，诉讼可能仅解决了商标侵权的赔偿问题，而未对商标的注册有效性进行审查，此时行政机关可能就商标的注册有效性进行立案。
新的事实或证据出现：
- 在诉讼程序进行过程中或结束后，如果出现了新的事实或证据，这些新的事实或证据可能构成对原诉讼结果的挑战或补充。此时，行政机关可能基于新的事实或证据对商标纠纷进行立案处理。例如，诉讼结束后发现了新的侵权证据，行政机关可能据此对侵权行为进行查处。
行政机关的独立职权：
- 行政机关在商标管理方面拥有独立的职权，如商标注册的审查、商标使用的监督等。如果行政机关在履行其职权过程中发现了商标纠纷，且该纠纷未通过诉讼程序得到解决，那么行政机关可能依法进行立案处理。例如，行政机关在商标注册审查过程中发现了商标抢注行为，可能依法进行查处。
三、法律建议
了解诉讼与行政程序的界限：
- 在商标纠纷进入诉讼阶段后，应了解诉讼与行政程序的界限，避免重复处理同一纠纷。如果希望通过行政途径解决纠纷，应在诉讼前或诉讼过程中与行政机关进行沟通，明确各自的职责和权限。
及时提供新的事实或证据：
- 如果在诉讼程序进行过程中或结束后出现了新的事实或证据，应及时向相关机关提供，以便机关能够依法进行立案处理。同时，也应注意保护自己的合法权益，避免因新的事实或证据的出现而遭受不必要的损失。
咨询专业律师：
- 在处理商标纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师能够根据您的具体情况提供法律建议，帮助您更好地维护自己的合法权益。当然，如果您有任何关于知识产权、专利权领域的法律问题，也可以直接向我咨询。
综上所述，虽然商标纠纷处于诉讼阶段时行政机关一般不能立案，但在特殊情况下仍可能进行立案处理。因此，在处理商标纠纷时，应了解相关法律规定和程序要求，以便更好地维护自己的合法权益。