结论：劳动法并没有直接规定员工迟到三分钟就要扣半天工资，用人单位因员工迟到扣钱必须基于合法有效的规章制度，且扣钱幅度需合理，不得低于当地最低工资标准。

详细分析：

1. 法律层面：

   • 《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规主要保障劳动者的合法权益，规范用人单位的用工行为。这些法律并未直接规定迟到等具体情形应如何扣工资。
   • 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着用人单位的扣薪行为需在法律规定和合理性前提下进行。

2. 用人单位规章制度：

   • 用人单位有权根据自身生产经营特点和管理需要，制定内部规章制度，包括处理迟到等违纪行为的方式。但这些规章制度必须依法制定，并经过公示或告知劳动者。
   • 规章制度中的扣薪规定应合理，如按迟到时长分档次扣薪，避免一旦迟到即扣全天工资的不合理做法。扣款金额和方式需合理，一般不应超过员工当月工资的20%，且扣款后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

3. 实际操作中的考量：

   • 在实际操作中，如果用人单位因员工迟到三分钟就扣半天工资，这种做法很可能被视为不合理，甚至违法。因为这样的扣薪幅度显然过高，且不符合公平、合理的原则。
   • 如果员工认为用人单位的扣薪行为不合理，可以先尝试与公司协商解决。协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉，或者按照劳动争议处理的相关规定申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：

• 用人单位：应制定合法、合理的规章制度，并确保这些制度经过民主程序制定并公示告知员工。在处理迟到等违纪行为时，应遵循公平、合理的原则，避免过度扣薪。
• 员工：应了解自己的权益，对不合理的扣薪行为及时提出异议。在维权过程中，应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在需要时进行维权。

示例说明：

假设某员工因迟到三分钟被用人单位扣了半天工资，而该员工当月正常出勤应发工资为3000元，扣半天工资即扣1500元。如果当地月最低工资标准为2000元，那么这种扣薪行为显然是不合理的，因为扣款后剩余工资低于了当地最低工资标准。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总之，劳动法并未直接规定迟到三分钟就要扣半天工资，用人单位在处理迟到等违纪行为时应遵循合法、合理的原则。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。