工伤职工在治疗期间死亡，死亡结论的出具需结合死亡原因，分情况处理，具体如下：

1. 若死亡与工伤直接相关
   根据《工伤保险条例》第十四条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病进行治疗期间死亡的，若死亡原因与工伤事故或职业病存在直接因果关系（如术后感染、伤情恶化等），医疗机构需出具《居民死亡医学证明（推断）书》，并在“死亡原因”栏明确记载与工伤相关的病因（如“创伤性失血性休克”“职业性尘肺病合并呼吸衰竭”等）。同时，用人单位或家属需在48小时内向社会保险行政部门报告，由社会保险行政部门结合医疗记录、工伤认定书等材料，最终确认死亡属于工伤死亡范畴，并出具《工伤认定结论书》，明确死亡性质为“工伤死亡”。

2. 若死亡与工伤无直接关联
   若职工在治疗期间因其他独立原因死亡（如突发心梗、自杀、交通事故等），医疗机构同样需出具《居民死亡医学证明（推断）书》，但死亡原因需记载与工伤无关的病因（如“急性心肌梗死”“高处坠落伤”等）。此时，社会保险行政部门将根据医疗记录、调查笔录等材料，出具《工伤认定结论书》，明确死亡性质为“非工伤死亡”，并终止工伤保险待遇支付（此前已支付的医疗费、停工留薪期工资等可保留）。

关键提醒：

• 死亡结论的出具需以医疗机构诊断为基础，家属或用人单位若对死亡原因有异议，可申请司法鉴定（如尸检）或向社会保险行政部门提出复查申请；
  
• 若涉及第三方侵权（如交通事故导致死亡），需同步通过民事诉讼向侵权方索赔，工伤保险待遇与民事赔偿可“双赔”（但医疗费、辅助器具费等实际支出项目不可重复获赔）。
  

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