结论：工程未全部完工擅自使用后，能否要求继续施工需视具体情况而定，主要取决于合同约定、擅自使用的原因及责任归属等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确规定了工程未完工擅自使用的后果，包括是否允许继续施工、违约责任等，那么应当按照合同约定执行。
- 例如，合同可能规定，若发包人擅自使用未完工工程，则视为发包人接受工程现状，承包人不再承担继续施工的责任，或者需按照特定条件（如支付额外费用）继续施工。
合同中无明确约定：
- 若合同中未对擅自使用未完工工程的情况作出明确约定，则需依据相关法律法规及行业惯例进行判断。
二、法律法规角度
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》中关于建设工程合同的规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
- 虽然此条款未直接涉及擅自使用未完工工程的情况，但体现了合同双方应履行各自义务的原则。若发包人擅自使用未完工工程，可能构成违约，承包人有权根据合同及法律规定主张权利。
行业惯例与司法实践：
- 在司法实践中，若发包人擅自使用未完工工程，通常会被视为对工程现状的接受，承包人可能不再承担继续施工的责任，除非双方另有约定或发包人愿意承担额外费用。
- 同时，发包人擅自使用未完工工程可能引发质量问题、安全隐患等，若因此造成损失，发包人可能需承担相应责任。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，应仔细审查建设工程合同中的相关条款，了解双方对擅自使用未完工工程的具体约定。
沟通协商：
- 若合同中无明确约定或约定不明，建议双方进行沟通协商，明确是否继续施工、施工条件及责任归属等问题。
寻求法律途径：
- 若双方无法达成一致意见，可寻求法律途径解决争议。在此过程中，应收集相关证据（如合同、施工记录、沟通记录等）以支持自己的主张。
进一步思考：在实际操作中，擅自使用未完工工程往往涉及复杂的法律关系和利益纠葛。因此，在处理此类问题时，应充分考虑合同约定、法律法规及行业惯例等多方面因素，以维护自身合法权益。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。