在解除员工劳动合同时，赔偿金的计算基数通常不包括加班费，但这一原则存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
赔偿金计算基数：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。然而，在一般情况下，加班费并不包含在赔偿金计算基数的范围内。这是因为加班费是劳动者延长工作时间所获得的额外报酬，具有补偿性质，与经济补偿金的性质不同。
加班费的性质：加班费是劳动者在正常工作时间外提供劳动所获得的报酬，它反映了劳动者额外劳动的价值。加班费的计算依据和标准通常有明确规定，如加班时间、工资基数等，这与经济补偿金的计算标准（基于工作年限和平均工资）是不同的。
二、特殊情况
尽管一般情况下加班费不计入经济补偿金，但存在以下特殊情况：
合同约定：如果双方在劳动合同或集体合同中明确约定了将加班费纳入经济补偿金的计算基数，那么这一约定应当得到尊重和执行。这意味着，在这些特定情形下，加班费可能会被计入经济补偿的计算基数。
地方规定：此外，还需注意当地法律法规是否有特别规定。例如，某些地区可能出台了地方性法规或规章，明确规定了加班费应计入经济补偿金的计算基数。在这种情况下，应按照当地规定执行。
三、实际应用中的指导意义
查阅合同：在处理解除员工劳动合同涉及赔偿金计算的问题时，首先应查阅劳动合同和集体合同，看是否有关于加班费纳入计算基数的约定。
了解法规：其次，应了解并遵循当地法律法规的相关规定，确保计算的准确性和合法性。
争议解决：如果双方对赔偿金计算存在争议，建议通过协商、调解或法律途径解决。劳动者可以提供考勤记录、加班通知等相关证据来支持自己的主张，而用人单位则应当提供合法有效的证据来证明其支付加班费的情况及计算依据。
四、举例说明
假设某员工在劳动合同解除前12个月的平均工资为5000元，其中加班费为1000元。在一般情况下，如果双方没有约定将加班费纳入经济补偿金的计算基数，那么该员工的经济补偿金计算基数应为4000元（即5000元减去1000元加班费）。然而，如果双方在劳动合同中明确约定了将加班费纳入计算基数，或者当地法律法规有特别规定，那么该员工的经济补偿金计算基数则应为5000元。
综上所述，解除员工劳动合同时的赔偿金计算一般不包括加班费，但具体情况需根据劳动合同约定、当地法律法规以及实际情况来判断和处理。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。