结论：公司给不合理协议员工不签，员工不能直接不来上班。员工应通过合法途径表达异议，否则可能面临旷工等不利后果。以下从不同角度详细分析：
一、员工对不合理协议的处理方式
协商沟通：
- 员工首先应尝试与公司进行协商，表达对协议内容的不满和异议，寻求双方都能接受的解决方案。这是最直接且成本最低的方式。
拒绝签署并说明理由：
- 如果员工认为协议内容不合理，有权拒绝签署，并应向公司明确说明拒绝的理由。这有助于公司了解员工的立场，可能促使公司重新考虑协议内容。
寻求法律援助或咨询：
- 在协商无果的情况下，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。律师可以提供专业的法律意见，帮助员工制定合理的应对策略。
二、员工不来上班的法律后果
旷工处理：
- 如果员工未经公司同意擅自不来上班，公司有权按照规章制度对员工进行旷工处理。旷工可能导致员工被扣发工资、受到纪律处分，甚至被解除劳动合同。
劳动合同解除：
- 在严重情况下，如果员工长时间不来上班且无正当理由，公司有权依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同。这将对员工的职业发展和经济利益产生重大影响。
三、合法途径表达异议的建议
书面提出异议：
- 员工可以书面形式向公司提出对协议内容的异议，并保留好相关证据。这有助于证明员工已经尽到了合理的沟通义务，并在后续可能的法律纠纷中作为证据使用。
申请劳动仲裁：
- 如果员工与公司无法就协议内容达成一致，且员工认为自己的权益受到了侵害，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对纠纷进行调解或裁决，维护员工的合法权益。
提起诉讼：
- 如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。法院将依法对案件进行审理，并作出最终判决。
举例说明：假设公司要求员工签署一份包含不合理条款的协议，如要求员工放弃所有加班费、年假等权益。员工认为这些条款违反了法律法规和劳动合同的约定，因此拒绝签署。在这种情况下，员工应首先与公司进行协商沟通，表达自己的异议和理由。如果协商无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。同时，员工应继续按照公司规定正常出勤上班，避免被认定为旷工。如果公司因此解除劳动合同，员工可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。
进一步思考：员工在面对公司不合理协议时，应保持冷静和理性，通过合法途径表达自己的异议和诉求。同时，员工也应了解自己的权益和可能的法律后果，做好充分的准备和应对。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。