结论：公司因交通事故全责扣除员工1000元安全奖和2000元绩效是否合理合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及事故是否与工作直接相关。以下为具体分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了因交通事故全责将扣除安全奖和绩效，且该规章制度已经过上述民主程序制定并公示或告知劳动者，则该规定在形式上具备合法性。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了因交通事故全责将扣除安全奖和绩效，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，则该约定对双方均具有约束力。
二、事故是否与工作直接相关
工作相关事故：
- 若交通事故发生在员工执行工作任务过程中，如因公外出、上下班途中（需符合《工伤保险条例》中关于上下班途中的认定标准）等，则该事故可能被视为工作相关事故。在此情况下，公司扣除安全奖和绩效可能缺乏合理性，因为员工是在为公司利益而遭受损失。
- 特别是如果事故被认定为工伤，根据《工伤保险条例》，员工应享受工伤保险待遇，公司不得因员工发生工伤而扣除其工资、奖金等福利待遇。
非工作相关事故：
- 若交通事故发生在员工非执行工作任务过程中，如员工私自驾车外出游玩等，则该事故与工作无直接关联。在此情况下，公司根据规章制度或劳动合同约定扣除安全奖和绩效，可能具备一定的合理性。但需注意，扣除的金额和方式应合理，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
三、扣除金额的合理性
- 即使公司规章制度或劳动合同中约定了因交通事故全责将扣除安全奖和绩效，扣除的金额也应合理。若扣除的金额过高，可能被视为对员工的不公平对待，甚至可能构成违法扣除工资的行为。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
四、建议与行动
核查规章制度与劳动合同：
- 首先核查公司规章制度和劳动合同中是否有关于因交通事故全责扣除安全奖和绩效的约定，以及该约定是否经过民主程序制定并公示或告知劳动者。
评估事故与工作的关联性：
- 评估交通事故是否发生在执行工作任务过程中，以及是否可能被认定为工伤。
与公司沟通协商：
- 若认为公司扣除安全奖和绩效的行为不合理或违法，可与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的依据和理由，并寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 若沟通协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
如有更多细节或疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供更详细的法律建议。