融资租赁公司本金和利息一起开票是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 增值税角度的合法性分析
   根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《销售服务、无形资产、不动产注释》，融资租赁服务属于现代服务中的“租赁服务”，其销售额为全部价款和价外费用（含本金和利息）。因此，融资租赁公司以本金和利息总额开具增值税发票的行为，在增值税层面是合法的。但需注意：
   

• 若为直租业务（租赁物为新购设备），出租人可按全额开具增值税专用发票，承租人可抵扣进项税额；
  
• 若为售后回租业务（租赁物为承租人自有设备），根据财税〔2016〕36号文及国家税务总局公告2010年第13号，出租人需区分本金和利息：本金部分开具增值税普通发票（不涉及进项抵扣），利息部分开具增值税专用发票（承租人可抵扣）。若未区分而合并开票，可能被税务机关要求整改。

1. 合同与财务合规性分析
   从合同履行角度，融资租赁合同通常明确约定租金构成（本金+利息），开票金额应与合同约定一致。若合同未明确区分本金和利息，但双方实际按总额结算，合并开票不违反合同约定；但若合同明确要求分开核算，则合并开票可能构成违约。
   从财务处理角度，根据《企业会计准则第21号——租赁》，出租人应将租金收入拆分为本金回收和利息收入分别核算。合并开票不影响会计处理的合法性，但需确保内部账目清晰区分，以符合审计和税务核查要求。

2. 税务风险防范建议

• 直租业务：可合并开具增值税专用发票，但需确保租赁物符合政策要求（如新购设备）；
  
• 售后回租业务：严格区分本金和利息，分别开具普通发票和专用发票，避免进项抵扣风险；
  
• 合同条款：在融资租赁合同中明确约定开票方式（合并或分开），减少纠纷；
  
• 税务申报：在增值税申报时，按“租赁服务”税目填报销售额，并附列分开核算的本金和利息数据（如适用）。

总结：融资租赁公司本金和利息一起开票的合法性取决于业务类型和合同约定。直租业务通常可合并开票，售后回租业务需分开开票。建议根据具体业务模式、合同条款及税务政策综合判断，必要时咨询税务机关或专业律师以确保合规。如有进一步疑问，可直接向我提问。