公司打官司期间主要部门负责人离职，公司需从法律程序、证据保全、工作交接及诉讼策略调整四个方面综合应对，以最大限度降低对诉讼的影响。具体分析如下：

1. 法律程序层面：核查离职合法性，防范诉讼风险
   若负责人系主动离职，需核查其是否履行《劳动合同法》第37条规定的提前30日书面通知义务，以及是否违反竞业限制或保密协议。若公司认为其离职可能损害诉讼利益（如带走关键证据或客户信息），可依据《劳动合同法》第90条主张赔偿；若负责人系被解雇，需确保解雇程序合法（如提前通知、支付经济补偿等），避免因违法解除导致负责人成为诉讼第三人或引发新纠纷。

2. 证据保全层面：固定关键证据，防止灭失风险
   负责人离职前可能掌握与案件直接相关的证据（如合同原件、沟通记录、审批文件等）。公司应立即启动证据保全程序：

   • 对电子证据（如邮件、聊天记录）进行公证或通过区块链存证；
     
   • 对纸质文件进行清点并由双方签字确认交接；
     
   • 若负责人拒绝配合，可依据《民事诉讼法》第81条向法院申请证据保全，或依据《劳动争议调解仲裁法》第6条要求其返还公司财物。

3. 工作交接层面：明确交接内容，确保诉讼连续性
   公司应与离职负责人签订书面《工作交接清单》，明确需移交的诉讼相关材料（如起诉状、答辩状、证据清单、庭审笔录等）及未尽事宜的后续对接人。若负责人未完成交接导致诉讼受阻，公司可依据《劳动合同法》第50条要求其承担赔偿责任，或依据《公司法》第147条追究其作为高管未尽忠实义务的责任。

4. 诉讼策略层面：评估影响并调整方案

   • 若负责人为案件直接经办人，其离职可能导致对方以“关键证人缺失”为由质疑证据真实性，此时需及时补充其他证据（如第三方证人证言、物证等）；
     
   • 若负责人为公司授权代表，需依据《民事诉讼法》第51条及时变更诉讼代表人，并向法院提交新的授权委托书；
     
   • 若负责人离职与案件存在关联（如因诉讼压力离职），需评估是否需调整诉讼策略（如申请延期审理、变更诉讼请求等）。

建议公司立即采取以下行动：

1. 联系离职负责人，要求其配合完成证据移交和工作交接；
   
2. 委托律师对现有证据进行全面梳理，评估离职对诉讼的影响；
   
3. 若发现负责人存在违法或违规行为，及时固定证据并考虑追究其法律责任。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供针对性建议。