夫妻在一个医院科室上班，从法律层面来看，通常是合法的，但具体是否合法还需考虑医院内部规章制度以及是否存在其他特殊情况。以下从不同角度进行分析：
法律层面：
- 我国现行法律法规并未明确禁止夫妻在同一医院科室工作。劳动法、公务员法等相关法律主要关注的是就业平等、反歧视以及公务员的任职回避等原则，对于夫妻在同一单位同一科室工作的情况，并未作出限制性规定。
医院内部规章制度：
- 虽然法律没有禁止，但医院作为用人单位，有权根据自身管理需要制定内部规章制度。这些规章制度可能包括员工任职回避、利益冲突管理等方面的内容。如果医院有明确规定禁止夫妻在同一科室工作，那么员工应当遵守这一规定。不过，这样的规定通常需要经过合法程序制定，并且不得违反法律法规的强制性规定。
特殊情况考虑：
- 在某些特殊情况下，如涉及利益冲突、职务便利滥用等，夫妻在同一科室工作可能会引发一些问题。例如，如果夫妻双方分别担任科室的负责人和财务人员，可能会存在利益输送的风险。在这种情况下，医院可能会根据内部规章制度或职业道德要求，对夫妻双方的工作安排进行调整。
建议：
- 如果夫妻双方打算在同一医院科室工作，建议先了解医院的内部规章制度，确保自己的工作安排符合医院的要求。
- 如果医院有禁止夫妻在同一科室工作的规定，而夫妻双方又希望继续在同一医院工作，可以考虑申请调整到其他科室或岗位。
- 在工作过程中，夫妻双方应当严格遵守职业道德和法律法规，避免因个人关系而影响工作公正性和医院利益。
可能后果：
- 如果违反医院内部规章制度，可能会面临医院的纪律处分，如警告、罚款、降职等。
- 如果因夫妻关系而引发利益冲突或职务便利滥用等问题，可能会涉及法律责任，如贪污受贿、职务侵占等。
总之，夫妻在一个医院科室上班本身并不违法，但具体是否合法还需考虑医院内部规章制度以及是否存在其他特殊情况。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。