三方协议代开发票的行为是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若代开发票行为符合税法规定且真实交易背景存在，则合法
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。若三方协议中存在真实的交易关系（例如：A公司向B公司采购货物，但因业务安排需由C公司实际提供货物并开具发票），且符合以下条件，则代开发票行为合法：

   • 交易真实：三方之间存在真实的货物/服务流转，且合同、物流、资金流等证据链完整；
     
   • 税务合规：代开发票方（C公司）已依法办理税务登记，并按实际交易金额、税率开具发票；
     
   • 无虚开意图：不存在以骗取税款、逃避纳税为目的的虚开发票行为（如无真实交易、虚构金额、伪造资质等）。
     

2. 若代开发票行为无真实交易背景或存在虚开情节，则违法
   若三方协议仅为掩盖“无真实交易”的虚开发票目的（例如：A公司为套取资金，与B、C公司串通虚构交易，由C公司向A公司开具发票，但实际未提供货物/服务），则可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开发票罪”，或《税收征收管理法》第六十三条规定的“偷税行为”。具体违法情形包括：

   • 无货虚开：未发生实际交易，仅通过协议虚构业务链条；
     
   • 金额虚增：交易金额与实际不符，通过协议夸大开票金额；
     
   • 资质伪造：代开发票方未取得相应经营资质，或通过协议转移纳税义务以逃避监管。
     

实务建议：

• 若需通过三方协议安排业务，务必确保交易真实、合同条款清晰，并保留完整的业务证据（如采购订单、物流单据、付款凭证等）；
  
• 避免以“代开发票”名义实施资金回流、套取财政补贴等违法行为；
  
• 若对协议合法性存疑，可直接向我咨询，我将结合具体交易模式、行业特点及税法规定提供分析。