跟甲方签协议，由第三方开票是否合法，需分情况讨论：
若协议中明确约定由第三方开票，且该约定不违反法律法规的强制性规定：
- 在这种情况下，协议双方（即甲方和您）已经就开票事宜达成了合意，且该合意不损害国家、集体或第三人的利益，不违反法律、行政法规的强制性规定，因此该约定是有效的。
- 第三方作为开票方，需确保其具备开票资格，且开票内容真实、合法，与实际交易相符。若第三方开票行为存在违法违规情形，如虚开发票等，则可能面临税务机关的处罚，但这并不影响您与甲方之间协议的效力。
若协议中未明确约定由第三方开票，或约定违反法律法规的强制性规定：
- 若协议中未提及开票事宜，或虽提及但约定由无开票资格的第三方开票，或约定开票内容与实际交易不符等，这些约定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
- 在此情况下，若您或甲方要求第三方开票，可能面临税务风险。例如，若第三方无开票资格而开具发票，或开具的发票内容与实际交易不符，税务机关可能对开票方、受票方（即您或甲方）进行处罚，包括罚款、没收违法所得等。
法律建议：
- 在签订协议时，应明确约定开票事宜，包括开票方、开票内容、开票时间等，以确保协议的合法性和有效性。
- 若需由第三方开票，应确保第三方具备开票资格，且开票内容真实、合法，与实际交易相符。
- 在协议履行过程中，应密切关注开票情况，若发现第三方开票行为存在违法违规情形，应及时与甲方沟通，并采取措施防范税务风险。
可能法律后果：
- 若因第三方开票行为违法违规而导致您或甲方遭受税务处罚的，您或甲方有权根据协议约定或法律规定向第三方追偿。
- 若因开票事宜引发纠纷的，您或甲方可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
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