结论：甲方要求乙方提交第三方发票是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同明确约定乙方需提供第三方发票，且该约定不违反法律强制性规定
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，双方应按约定履行义务。若合同中明确约定乙方需向甲方提供第三方发票（例如乙方作为中间商，需将上游供应商的发票转交甲方），且该约定不涉及虚开发票、逃避税收等违法行为，则甲方的要求具有合法性。此时乙方应按合同履行，否则可能构成违约。

2. 若合同未约定，但实际交易中存在“第三方代付/代收”的合理事由
   若实际交易中，乙方因业务需要（如委托第三方提供服务、货物），需由第三方开具发票给甲方，且该交易模式符合商业惯例（例如乙方作为平台方，实际服务由第三方提供），此时甲方要求第三方发票具有合理性。但需注意：

   • 乙方需确保第三方与交易存在真实关联性，避免被认定为“虚开发票”（根据《发票管理办法》第22条，虚开发票包括为他人开具与实际经营业务不符的发票）；
     
   • 乙方应保留与第三方的合同、付款记录等证据，证明交易真实性，否则可能因无法证明业务真实性而承担税务风险。

3. 若甲方要求乙方提供与交易无关的第三方发票，或用于非法目的（如套取资金、逃避税收）
   此类要求明显违法，乙方有权拒绝。根据《刑法》第205条，虚开发票罪可处三年以下有期徒刑或拘役；即使未达到刑事标准，根据《税收征收管理法》第63条，税务机关也可对偷税行为追缴税款、滞纳金，并处罚款。乙方若配合甲方虚开发票，可能面临行政处罚甚至刑事责任。

实务建议：

• 对乙方而言，若甲方提出第三方发票要求，应首先审查合同约定，并要求甲方说明理由；若交易真实存在第三方，需留存相关证据（如三方协议、付款流水等）；若发现甲方要求违法，应明确拒绝并保留沟通记录。
  
• 对甲方而言，若需第三方发票，应在合同中明确约定，并确保交易真实性，避免因“票货分离”被认定为虚开发票。
  

如有具体交易场景或合同条款需要分析，可进一步向我说明，我会结合细节为您详细解答。