面对申请劳动仲裁确定劳动关系时公司不配合的情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 准备充分证据：

   • 证据是劳动仲裁中的关键。劳动者需自行收集有力证据，包括但不限于劳动合同（如已签订）、工资支付记录（如工资条、银行流水）、考勤记录、工作成果文件、工作证或服务证、招聘材料（如登记表、报名表）、其他劳动者的证言（最好能出庭作证）以及用人单位发放的体现劳动者接受指挥和管理的书面材料等。这些证据将共同构成证明劳动关系存在的完整证据链。

2. 积极沟通与书面催告：

   • 在提交仲裁申请前，劳动者可以尝试与公司进行沟通，通过书面函件催告其配合仲裁程序，并明确指出不配合的法律后果。这有助于促使公司正视问题，并可能避免不必要的法律纠纷。

3. 提交完整仲裁申请材料：

   • 确保仲裁申请材料完整且满足法定条件，这是仲裁顺利开展的关键前提。劳动者应按照仲裁委员会的要求，撰写仲裁申请书，明确双方基本信息、仲裁请求（如确认劳动关系、支付拖欠工资等）及事实和理由，并附上相关证据材料清单及证据原件和复印件。

4. 借助劳动监察部门或劳动行政部门力量：

   • 如公司拒绝签收仲裁文书或故意拖延时间，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由其进行监督检查并责令改正。若公司存在恶意不配合行为，如隐匿、销毁证据等，劳动者还可以向劳动行政部门举报，由其进行查处。

5. 申请财产保全（如适用）：

   • 如果劳动者担心公司在仲裁过程中转移财产，影响裁决的执行，可以向仲裁委员会申请财产保全。仲裁委员会会将申请提交给人民法院，由人民法院决定是否采取保全措施。

6. 参与仲裁庭审并等待裁决：

   • 劳动者应按照通知的时间和地点准时参加开庭，详细阐述自己的主张，提供相关证据，并对公司的证据进行质证。在辩论环节，劳动者应就争议焦点发表辩论意见，维护自身权益。仲裁庭在审理结束后，将根据查明的事实和相关法律规定作出裁决。一般情况下，裁决会在受理仲裁申请之日起45日内作出；案情复杂可延期，但延长期限不得超过15日。

7. 申请强制执行（如裁决生效后公司不履行）：

   • 如果裁决书送达之日起十五日内，公司未提起诉讼且未履行裁决义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。在申请执行过程中，劳动者应积极配合法院工作，提供公司的财产线索等信息。

在整个过程中，劳动者还需注意以下几点：

• 保持冷静与理性：面对公司的不配合，劳动者应保持冷静，避免情绪化行为，依法维护自身权益。
• 保留相关证据：在整个过程中，劳动者应妥善保留与劳动仲裁相关的所有证据，这些证据将对维护自身权益起到关键作用。
• 及时咨询与了解：劳动者可以随时向我咨询劳动仲裁的相关问题，了解自身权益和仲裁程序的具体操作。

示例说明： 假设劳动者小张因公司未签订劳动合同且拖欠工资而申请劳动仲裁确认劳动关系。在准备阶段，小张收集了工资条、银行流水、考勤记录以及同事的证言等证据。在提交仲裁申请后，公司拒绝签收仲裁文书且未出庭。仲裁庭根据小张提供的证据和法律规定，缺席裁决确认了小张与公司的劳动关系，并要求公司支付拖欠的工资。裁决生效后，公司仍未履行义务，小张遂向人民法院申请强制执行，最终成功维护了自己的合法权益。

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