扣押保洁员工三个月的工资是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下从多个角度进行分析：
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，雇主必须按时足额支付员工的工资，扣押工资三个月显然违反了这一规定。
- 如果雇主扣押工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，劳动行政部门将责令用人单位支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
合同约定角度：
- 即使劳动合同中有关于扣押工资的条款，如果该条款违反了法律法规的强制性规定，那么该条款也是无效的。因此，任何试图通过合同来合法化扣押工资的行为都是不可行的。
实际操作与后果角度：
- 扣押工资不仅会影响员工的生活和积极性，还可能引发劳动纠纷，对雇主的声誉和业务造成负面影响。
- 在极端情况下，如果雇主长期扣押工资，员工可能会选择离职，并寻求法律途径来维护自己的权益，这将对雇主造成更大的损失。
建议：
- 对于雇主而言，应当严格遵守法律法规，按时足额支付员工的工资，以维护良好的劳动关系和企业的声誉。
- 对于员工而言，如果遭遇扣押工资的情况，应当及时向劳动行政部门投诉，并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 如果雇主被证实扣押工资，除了需要支付拖欠的工资外，还可能面临支付经济补偿和赔偿金的法律责任。
- 在严重的情况下，雇主还可能受到行政处罚，甚至面临刑事责任。
综上所述，扣押保洁员工三个月的工资是不合理的，且可能违反相关法律法规。雇主应当严格遵守法律法规，按时足额支付员工的工资，以维护良好的劳动关系和企业的声誉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。