结论：每周加班超过44小时但支付了加班费，这一行为本身在工时制度上可能构成超时加班，但支付加班费是符合法律规定的支付义务。然而，是否违法需结合具体加班时长是否超出法定限制来判断。若加班时长超出法定标准，即使支付了加班费，也仍可能构成违法。

详细分析：

1. 标准工时制度下的规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制的基本要求。
   • 若劳动者每周工作超过44小时，即构成加班。加班需符合《劳动法》第四十一条的规定，即一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。

2. 加班费的支付规定：

   • 即使加班在合法范围内，用人单位也必须依法支付加班费。具体标准为：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 在您的情况下，如果用人单位已经支付了加班费，那么至少在支付义务上是符合法律规定的。

3. 超时加班的违法性：

   • 如果每周加班时间超过了法定限制（即每日超过三小时或每月超过三十六小时），即使支付了加班费，也仍然构成违法。因为超时加班侵犯了劳动者的休息权，可能对劳动者的身体健康造成损害。
   • 此外，如果用人单位未与劳动者协商一致就擅自安排超时加班，也可能构成违法。

4. 特殊工时制度的考虑：

   • 对于某些特殊行业或岗位，如交通、铁路、邮电等，可能实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些情况下，加班时间的计算可能有所不同。
   • 但即使实行特殊工时制度，也必须确保劳动者的休息权益得到充分保障，且加班时间不得超出法定限制。

法律建议：

• 如果您发现自己的加班时间超出了法定限制，即使支付了加班费，也有权向用人单位提出异议，并要求减少加班时间或支付相应的加班费差额。
• 如果用人单位拒绝改正或存在其他违法行为，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果用人单位因超时加班被劳动监察部门查处，可能会面临罚款、责令改正等行政处罚。
• 对于劳动者而言，如果因超时加班导致身体健康受损，还可以依法要求用人单位承担相应的赔偿责任。

综上所述，每周加班超过44小时但支付了加班费，在支付义务上符合法律规定，但加班时长本身可能构成超时加班。是否违法需结合具体加班时长是否超出法定限制来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。