关于“请假扣工资第二次叠加是否合理”的问题，结论需分情况讨论，具体如下：
一、若公司规章制度或劳动合同中明确规定了“请假扣工资第二次叠加”的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 同时，规章制度或劳动合同中的条款不得违反法律法规的强制性规定，如不得低于最低工资标准、不得违反加班工资支付规定等。
分析：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了“请假扣工资第二次叠加”的条款，并且该条款的制定过程符合上述法律程序，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该条款在法律上是有效的。
- 在这种情况下，员工请假第二次时，公司按照规章制度或劳动合同的约定叠加扣除工资，是合理的。
二、若公司规章制度或劳动合同中未明确规定“请假扣工资第二次叠加”的条款，或该条款违反法律法规的强制性规定
法律背景：
- 同样依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位的规章制度或劳动合同条款必须合法、合规。
- 如果规章制度或劳动合同中的条款违反法律法规的强制性规定，那么该条款是无效的，对劳动者不具有约束力。
分析：
- 如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定“请假扣工资第二次叠加”的条款，那么公司无权在员工请假第二次时叠加扣除工资。
- 如果该条款违反了法律法规的强制性规定，如低于最低工资标准、违反加班工资支付规定等，那么该条款也是无效的，公司同样无权按照该条款叠加扣除工资。
- 在这种情况下，公司叠加扣除工资的行为是不合理的，员工有权要求公司返还多扣除的工资，并可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、建议与提醒
对于员工：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于请假、工资扣除等方面的规定。
- 如果发现公司规章制度或劳动合同中的条款存在不合理或违法之处，应及时向公司提出异议，并保留相关证据。
- 如遇公司不合理扣除工资的情况，可先与公司协商解决；协商无果的，可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
对于公司：
- 在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保条款的合法性和合规性，避免违反法律法规的强制性规定。
- 在扣除员工工资时，应严格按照规章制度或劳动合同的约定执行，不得随意叠加扣除或扩大扣除范围。
- 如遇员工对工资扣除有异议的情况，应积极与员工沟通协商，寻求合理解决方案。
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