主管敢克扣员工加班费，可能存在以下几种原因，但这些行为均不合法，员工有权依法维权：
法律意识淡薄或故意违法：
- 有些主管可能对劳动法律法规了解不足，误以为可以随意克扣员工加班费。
- 也有些主管可能明知违法，但出于降低成本、增加利润等目的，故意克扣员工加班费。
- 法律背景：根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。因此，克扣加班费是违法的。
利用员工对法律的不了解或畏惧心理：
- 员工可能对劳动法律法规不熟悉，不知道自己的权益被侵害。
- 也有些员工可能担心维权会带来麻烦或影响工作，因此选择忍气吞声。
- 法律建议：员工应增强法律意识，了解自己的权益和维权途径。如果遇到克扣加班费的情况，可以勇敢站出来，通过合法途径维护自己的权益。
公司内部管理混乱或制度不完善：
- 有些公司可能存在管理混乱、制度不完善的情况，导致加班费计算、发放等环节出现问题。
- 也有些公司可能故意设置复杂的加班费计算方式，以掩盖克扣加班费的事实。
- 法律后果：如果公司因管理混乱或制度不完善导致克扣加班费，除了需要补发加班费外，还可能面临劳动行政部门的处罚。同时，员工也有权要求公司承担因此造成的损失。
主管个人行为与公司无关（但公司仍需承担一定责任）：
- 在极少数情况下，主管克扣加班费可能是个人行为，与公司无关。但即便如此，公司作为用人单位，仍需对主管的行为进行监督和管理，防止类似事件的发生。
- 法律责任：如果主管的个人行为导致员工权益受损，员工有权要求公司承担相应的赔偿责任。同时，公司也有权对主管进行内部处理或追究其法律责任。
针对克扣加班费的情况，员工可以采取以下措施：
- 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，要求公司补发加班费。
- 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉，要求劳动行政部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动行政部门无法解决问题，员工还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
最后提醒：作为员工，要时刻关注自己的权益是否受到侵害。如果遇到克扣加班费等违法行为，不要害怕、不要退缩，要勇敢站出来，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。