针对主管克扣加班费的问题，劳动者可以通过以下法律手段来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：

   • 法律背景：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位在劳动关系中享有平等的权利和义务。当劳动者发现加班费被克扣时，首先可以尝试与用人单位进行友好协商，要求用人单位补发加班费。
   • 建议：在协商过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在协商不成时作为维权依据。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 法律背景：根据《劳动保障监察条例》的规定，劳动监察部门负责监督用人单位遵守劳动保障法律、法规的情况，对违法行为有权进行查处。
   • 建议：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据，要求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行调查处理。劳动监察部门在调查核实后，会责令用人单位限期支付加班费，并可能对用人单位处以罚款。

3. 申请劳动仲裁：

   • 法律背景：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬等发生的争议，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 建议：如果协商和投诉均未能解决问题，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书、相关证据等材料。仲裁委员会在受理案件后，会依法进行审理，并作出裁决。如果用人单位不履行裁决，劳动者还可以向法院申请强制执行。

4. 提起诉讼：

   • 法律背景：根据《民事诉讼法》的规定，劳动者对劳动争议仲裁委员会的裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
   • 建议：如果劳动者对仲裁裁决结果不满意，或者仲裁委员会未能在规定时间内作出裁决，劳动者可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，劳动者需要提交起诉状、相关证据等材料。法院在受理案件后，会依法进行审理，并作出判决。如果用人单位不履行判决，劳动者同样可以向法院申请强制执行。

在维权过程中，劳动者需要注意以下几点：

• 保留证据：劳动者应妥善保管好与加班和工资相关的证据，如加班记录、工资条、劳动合同等。这些证据在维权过程中将起到至关重要的作用。
• 及时维权：劳动者在发现加班费被克扣后，应及时采取行动，避免超过法定的维权时效。一般来说，劳动争议的仲裁时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
• 寻求专业帮助：如果劳动者在维权过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为劳动者提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助劳动者更好地维护自己的合法权益。

作为储英芳律师，我专注于医疗事故赔偿、工伤赔偿领域，如果你在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。