公司恶意锁门禁的行为，可能涉及侵犯员工权益或违反相关法律法规，具体处理方式需根据实际情况判断。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、从员工权益保护角度
与公司协商：
- 情况说明：员工首先可以尝试与公司管理层或人力资源部门进行沟通，明确表达对公司恶意锁门禁行为的不满和担忧，要求公司立即停止此类行为，并恢复正常的门禁使用。
- 法律依据：根据《劳动法》等相关法律法规，员工享有正常的工作环境和条件，公司不得无故限制员工进出工作场所。
向劳动监察部门投诉：
- 情况说明：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查，并依法处理公司的违法行为。
- 法律依据：劳动监察部门有权对违反劳动法律法规的行为进行查处，保护员工的合法权益。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 情况说明：在投诉无果或情况严重的情况下，员工可以考虑提起劳动仲裁或诉讼，要求公司承担相应的法律责任，包括赔偿损失、恢复名誉等。
- 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。
二、从公司管理角度
内部调查与处理：
- 情况说明：公司应立即对恶意锁门禁的行为进行内部调查，查明原因和责任人，并根据公司规章制度进行相应处理。
- 法律依据：公司有权制定内部规章制度，对违反规定的行为进行处罚，但处罚必须合法、合理，不得侵犯员工的合法权益。
恢复门禁正常使用：
- 情况说明：公司应尽快恢复门禁的正常使用，确保员工能够正常进出工作场所，避免因门禁问题影响员工的工作和生活。
- 法律依据：公司有义务为员工提供正常的工作环境和条件，包括门禁系统的正常使用。
加强员工沟通与培训：
- 情况说明：公司应加强与员工的沟通，了解员工的需求和意见，同时加强员工培训，提高员工的法律意识和维权意识，避免类似事件的再次发生。
- 法律依据：公司有义务保障员工的知情权、参与权和表达权，同时也有责任提高员工的法律素养和维权能力。
三、从法律后果角度
行政处罚：
- 情况说明：如果公司的恶意锁门禁行为违反了相关法律法规，劳动监察部门有权对公司进行行政处罚，包括罚款、责令改正等。
- 法律依据：根据《劳动保障监察条例》等相关法律法规，劳动监察部门有权对违反劳动法律法规的行为进行行政处罚。
民事赔偿：
- 情况说明：如果公司的恶意锁门禁行为给员工造成了损失，员工有权要求公司承担民事赔偿责任，包括赔偿经济损失、精神损害抚慰金等。
- 法律依据：根据《民法典》等相关法律法规，公司因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
针对公司恶意锁门禁的行为，员工应首先尝试与公司协商解决；协商无果的，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼；同时，公司也应加强内部管理，恢复门禁正常使用，并加强与员工的沟通与培训。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。