公司员工违规损坏公司门禁的处罚需结合具体情况，依据公司规章制度、劳动合同及法律法规综合判定，常见处罚方式如下：

1. 依据公司规章制度处罚
   若公司已制定明确的《员工手册》或《奖惩制度》，且制度中规定了“故意损坏公司财物”的处罚条款（如警告、罚款、降薪、解除劳动合同等），公司可依据制度对员工处罚。

   • 关键点：制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、向员工公示（如签字确认、邮件通知），否则可能因“程序违法”被认定无效。
     
   • 示例：制度规定“故意损坏财物价值超过500元，公司可解除劳动合同”，若员工损坏门禁价值达标准，公司可依法解除合同。

2. 依据劳动合同约定处罚
   若劳动合同中明确约定“员工需爱护公司财物，损坏需赔偿”，公司可要求员工赔偿实际损失（如维修或更换门禁的费用），并可依据合同约定给予纪律处分（如书面警告）。

   • 关键点：赔偿金额需以实际损失为限，不得额外罚款（法律禁止用人单位对员工进行经济处罚，但可要求赔偿实际损失）。

3. 依据《劳动合同法》解除劳动合同（严重情形）
   若员工行为构成“严重违反公司规章制度”或“严重失职给公司造成重大损害”，公司可依据《劳动合同法》第39条直接解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

   • 关键点：需证明“严重性”（如门禁损坏导致公司安全风险、多次违规等），否则可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。

4. 民事赔偿与刑事责任（极端情形）

   • 民事赔偿：若员工故意损坏门禁，公司可要求其赔偿全部损失（包括维修费、停用期间的间接损失等）。
     
   • 刑事责任：若损坏价值达到故意毁坏财物罪的立案标准（如个人损坏公私财物5000元以上），公司可报警追究员工刑事责任，但实践中因门禁价值通常较低，刑事立案较少见。

建议行动步骤：

1. 核查公司规章制度是否合法有效；
   
2. 固定证据（如监控录像、维修报价单、员工签字确认的违规记录）；
   
3. 根据损失程度选择处罚方式（轻微损坏可警告+赔偿，严重损坏可解除合同+赔偿）；
   
4. 处罚前告知员工处罚依据及申诉渠道，避免程序瑕疵。
   

温馨提示：处罚需兼顾“合理性”与“合法性”，避免过度处罚引发劳动争议。若对具体操作有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。