对于已逮捕但查实后事实不清、证据不足而决定不起诉的情况，处理方式主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，具体如下：

1. 释放被逮捕人：

   • 根据《刑事诉讼法》第一百七十七条的规定，在审查起诉阶段，如果犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于已逮捕的犯罪嫌疑人，一旦决定不起诉，应当立即释放被逮捕人，并发给释放证明。这是保障犯罪嫌疑人人身自由的基本法律要求。

2. 解除强制措施：

   • 不起诉决定作出后，除了释放被逮捕人外，还需要解除对犯罪嫌疑人的其他强制措施，如取保候审、监视居住等。这些强制措施的解除是恢复犯罪嫌疑人正常生活状态的重要步骤。

3. 后续处理与救济：

   • 国家赔偿：如果犯罪嫌疑人在被逮捕期间遭受了不必要的羁押，且该羁押被后续证明为错误，那么犯罪嫌疑人有权根据《国家赔偿法》的规定，向作出逮捕决定的机关申请国家赔偿。
   • 申诉与复议：虽然在此情况下通常是不起诉决定，但如果犯罪嫌疑人或被害人对不起诉决定有异议，可以依法向人民检察院提出申诉。人民检察院应当对申诉进行复查，并作出复查决定。此外，被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉，由人民法院依法处理。

4. 对侦查活动的监督与纠正：

   • 人民检察院在作出不起诉决定时，如果发现侦查活动存在违法行为，如刑讯逼供、非法取证等，应当提出纠正意见，并通知侦查机关予以纠正。这是人民检察院对侦查活动进行法律监督的重要体现。

5. 对犯罪嫌疑人的教育与引导：

   • 虽然在此情况下犯罪嫌疑人未被起诉，但人民检察院仍可以对其进行教育，引导其遵守法律法规，避免再次陷入法律纠纷。这有助于维护社会秩序和公共安全。