主管部门同意并不直接等同于合法，合法性的判断需综合多方面因素考量。以下从不同角度为你详细分析：

主管部门同意的效力范围

主管部门在其职权范围内对特定事项作出的同意，通常具有行政效力，但这并不意味着该事项在所有法律层面都合法。例如，在建设工程项目中，主管部门可能对项目的选址、规划等事项表示同意，但如果该项目未依法办理环境影响评价手续，就可能违反环境保护相关法律法规，从而不具有完全的合法性。

合法性的判断标准

合法性是指行为或事项符合法律、法规、规章等规范性文件的规定。判断一个行为或事项是否合法，需要从多个方面进行考量：

1. 主体资格：行为主体是否具备相应的法律资格或资质。例如，从事建筑活动的企业必须具备相应的建筑业企业资质，否则其从事的建筑活动就可能因主体资格不合法而被认定为违法。
2. 行为内容：行为内容是否符合法律、法规、规章的规定。这包括行为的性质、目的、方式、程序等方面。例如，在合同签订过程中，如果合同内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该合同就可能被认定为无效合同。
3. 程序合规：行为是否按照法定程序进行。许多法律行为都规定了严格的程序要求，如行政许可、行政处罚等。如果行为未按照法定程序进行，就可能因程序违法而被认定为无效或可撤销。

主管部门同意与合法性的关系

主管部门同意通常是基于其对特定事项的行政管理和监督职责而作出的。然而，这种同意并不必然意味着该事项在所有法律层面都合法。因为主管部门的同意可能只关注了事项的某些方面，而忽略了其他重要的法律要求。例如，在食品安全领域，主管部门可能对食品生产企业的生产条件、卫生状况等进行了检查并表示同意，但如果该企业生产的食品不符合食品安全标准，那么其生产行为仍然可能因违反食品安全法律法规而被认定为违法。

法律建议

1. 全面审查：在涉及重要事项或决策时，除了获得主管部门的同意外，还应全面审查该事项是否符合所有相关法律法规的要求。这包括咨询专业律师或法律机构，以确保行为的合法性。
2. 关注程序要求：在办理各类手续或进行各类活动时，应特别注意程序要求。确保按照法定程序进行，以避免因程序违法而导致行为无效或可撤销。
3. 及时咨询：如果对某个事项的合法性存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师或法律机构。他们可以提供专业的法律意见和建议，帮助你更好地理解和应对法律问题。

如有任何合同纠纷或其他法律问题，欢迎直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答和建议。