元旦三天假期中，仅1月1日（元旦当天）加班有加班工资，且为不低于工资的百分之三百的工资报酬，其他两天加班则根据具体情况支付不低于工资的百分之二百的工资报酬或安排补休。以下是对这一问题的详细分析：
一、法定节假日加班工资
法定节假日确定：
- 元旦作为我国的法定节假日，仅元旦当天（1月1日）属于法定休假日。
加班工资规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，在元旦当天加班的劳动者，有权获得三倍工资的报酬。
加班工资计算：
- 加班工资的计算通常基于劳动者的月工资、月计薪天数及每天的工作时间等因素。具体计算公式为：月工资收入÷法定月计薪天数（21.75天）×300%。
二、调休日或周末连休日加班工资
调休日或周末连休日确定：
- 元旦假期通常包含三天，其中除元旦当天外，其余两天多为调休或通过周末连休得来。
加班工资与补休规定：
- 对于这两天，若用人单位安排加班且不能安排补休，则应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若用人单位能够安排补休，则无需支付加班费。
加班工资计算：
- 若企业选择支付加班费，则计算方式为：月工资收入÷法定月计薪天数（21.75天）×200%。
三、权益保障与建议
劳动者权益：
- 劳动者应了解自己的合法权益，若用人单位未按规定支付加班工资，可依法向相关部门投诉并寻求法律援助。在元旦当天加班时，确保获得三倍工资的报酬；在其他两天加班时，根据用人单位的安排，确保获得相应的加班费或补休。
用人单位责任：
- 用人单位应严格遵守劳动法规，确保劳动者的合法权益得到保障。在安排加班时，应明确告知劳动者加班工资的计算方式和支付标准，避免不必要的法律纠纷。
四、实际案例与操作
案例说明：
- 假设某劳动者的月工资为5000元，元旦当天加班，则其应获得的加班工资为：5000元÷21.75天×300%≈689.66元。若在其他两天加班且无法安排补休，则其应获得的加班工资为：5000元÷21.75天×200%≈459.77元。
操作建议：
- 劳动者在加班前应与用人单位明确加班工资的计算方式和支付标准，并保留好相关证据（如加班通知、工资条等）。若发生纠纷，可依法维护自己的合法权益。
综上所述，元旦三天假期中，劳动者在元旦当天加班应获得三倍工资的报酬，而在其他两天加班则根据用人单位的安排来确定是否支付加班费或安排补休。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。