关于您提出的“公司元旦三天只放两天假是否违法”的问题，这需要根据具体的法律法规以及最新的放假安排来进行详细解答。
首先，我们要明确的是，元旦作为我国的法定节假日，其放假天数是由国家统一规定的。根据国务院办公厅关于2025年（及后续年份类似原则）部分节假日安排的通知，元旦通常放假1天，若元旦日期非周三，则会结合相连周末进行调休，形成3天的假期。这是国家为了保障职工休息权益，同时兼顾社会生产生活需要而做出的规定。
接下来，我们针对您的情况进行分析：
如果元旦当天（1月1日）本身只放假1天，且未进行调休：
- 在这种情况下，如果公司只放1天假，那么是符合国家规定的。但如果公司承诺或以往惯例是放3天假（通过调休实现），而今年只放2天，且这2天中并未包含元旦当天或调休的周末，那么公司的做法可能存在问题，需要与公司进行沟通确认。
如果元旦通过调休形成3天假期：
- 根据国家规定，元旦应放假3天（如逢周三则只在当日放假1天，但此情况较为特殊）。如果公司只放2天假，且这2天并未完全覆盖国家规定的放假天数，那么公司的做法可能违反了国家关于法定节假日放假的规定。
特殊情况考虑：
- 需要注意的是，有些公司可能由于行业特性、生产需要等原因，无法完全按照国家规定放假。在这种情况下，公司应依法支付加班费或安排补休，以保障职工的合法权益。
综合建议：
- 首先，请您查阅公司最新的放假通知或相关规章制度，确认公司对于元旦放假的具体安排。
- 如果公司放假天数与国家规定不符，且未给出合理解释或补偿措施，您可以与公司人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达您的诉求和关切。
- 如果沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总之，公司元旦的放假天数应符合国家规定或给出合理补偿。如果公司只放两天假且未符合上述情况，那么公司的做法可能存在问题。希望以上解答能对您有所帮助。