国企以体检发现脂肪肝为由拒绝入职，是否合法需分情况讨论：

1. 若脂肪肝未影响正常履职，且无相关法规或合同依据，则拒绝入职不合法
   根据《就业促进法》第三条，劳动者享有平等就业权，用人单位不得以与工作无关的疾病为由拒绝录用。脂肪肝本身属于可逆的代谢性疾病，若不影响正常工作（如非重体力岗位），且无证据表明其会危害他人或公共安全，国企的拒绝行为可能构成就业歧视。例如，若应聘的是办公室文员岗位，脂肪肝通常不会影响履职能力，此时拒绝入职缺乏合理性。

2. 若岗位对健康有特殊要求，且脂肪肝影响履职，则拒绝入职可能合法
   若岗位属于《公务员录用体检通用标准（试行）》中明确规定的“特殊岗位”（如食品加工、高空作业等），或国企能证明脂肪肝会导致劳动者无法胜任工作（如需长期熬夜、高强度体力劳动等），则拒绝入职可能被认定为合法。但需注意，国企需承担举证责任，证明脂肪肝与岗位需求存在直接关联。

3. 若国企以“体检不合格”为由拒绝，需审查体检标准是否合法
   国企的体检标准应符合国家或行业规定，不得自行设定歧视性条款。例如，若国企将“脂肪肝”单独列为不合格项，而该标准未在招聘公告中明确告知，或与岗位需求无关，则可能因程序违法而被认定无效。

法律建议：

• 若您认为拒绝入职不合法，可先与国企协商，要求其出具书面拒绝理由及依据；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，主张继续履行合同或赔偿损失；
  
• 保留招聘公告、体检报告、沟通记录等证据，以支持您的主张。
  

可能后果：

• 若仲裁或诉讼认定国企行为违法，您可能获得入职机会或经济赔偿（如误工费、精神损害抚慰金等）；
  
• 若国企能证明拒绝入职合法，您则需另寻就业机会。
  

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