结论：公司以“税务出入问题”为由要求离职时留几千块钱，这一做法通常是不正常的，可能存在违法或不合理之处。以下从多个角度进行分析：
一、税务问题的常规处理
税务申报与缴纳：
- 根据我国税收法律法规，公司作为扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税等税费。这一过程通常是在发放工资时自动完成的，即公司从员工工资中扣除应缴纳的税费后，再将剩余部分发放给员工。
- 如果公司确实存在税务问题，如多扣或少扣了税费，那么正确的做法应该是与员工进行沟通，说明情况，并按照实际应缴纳的税费进行调整，而不是直接要求员工留下一部分钱作为“税务出入”的补偿。
税务问题的合法解决途径：
- 如果公司认为自己在税务方面存在问题，应该通过合法途径解决，如向税务机关申报更正、补缴或申请退税等。这些操作都是公开透明的，且需要遵循严格的法律程序。
- 要求员工私下留下部分钱作为“税务出入”的补偿，不仅无法解决税务问题，还可能涉嫌违法，如逃税、偷税等。
二、公司行为的合法性分析
工资支付义务：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司有义务按照劳动合同的约定，按时足额支付员工的工资。这一义务是法定的，不受任何非法理由的影响。
- 如果公司以“税务出入问题”为由要求员工留下部分工资，这实际上是在逃避其支付工资的法定义务，是违法的。
员工权益保护：
- 员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资，并有权拒绝任何非法扣减工资的行为。
- 如果公司坚持要求员工留下部分工资，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
三、可能存在的风险与后果
对公司的风险：
- 如果公司以非法理由扣减员工工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 在严重的情况下，公司还可能因涉嫌逃税、偷税等违法行为而面临刑事责任。
对员工的风险：
- 虽然员工有权拒绝公司的非法要求，但在实际操作中，员工可能面临被公司解雇、扣减奖金等风险。
- 因此，员工在维护自己权益的同时，也需要考虑如何妥善处理与公司的关系，避免不必要的纠纷。
四、建议与措施
与公司沟通：
- 员工可以首先尝试与公司进行沟通，了解公司要求留下部分工资的具体原因和依据。
- 如果公司无法提供合理的解释和依据，员工可以明确拒绝这一要求，并要求公司按照劳动合同的约定支付工资。
寻求法律援助：
- 如果公司坚持要求员工留下部分工资，或者采取其他非法手段对待员工，员工可以向劳动监察部门投诉，或者咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
最后，公司以“税务出入问题”为由要求离职时留几千块钱的做法是不正常的，可能存在违法或不合理之处。员工应该了解自己的权益和义务，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。