结论前置：入职新公司仅工作几天便辞职，公司要求扣除1000元钱的行为，在大多数情况下是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、法律角度分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提供劳动后，用人单位应当按照约定支付工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 在你仅工作几天的情况下，公司应当按照你实际工作的天数支付相应的工资，而无权扣除任何费用，除非有明确的合同约定或法律规定允许扣除。
扣除费用的合法性：
- 公司扣除费用必须基于合法、合理的理由，并且需要事先与劳动者在劳动合同中明确约定。常见的合法扣除包括：社会保险费、个人所得税、法院判决或仲裁裁决要求代扣的费用等。
- 若公司无法提供合法依据或合同约定来支持其扣除1000元的行为，那么这种扣除就是违法的。
二、实际操作角度分析
查看劳动合同：
- 首先，你需要查看你与公司签订的劳动合同中是否有关于辞职和扣除费用的相关条款。如果合同中有明确约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能有权按照合同约定进行扣除。
- 但如果合同中没有相关约定，或者约定违反了法律法规的强制性规定，那么公司无权扣除你的工资。
与公司协商：
- 如果你认为公司的扣除行为不合法，你可以尝试与公司进行协商，要求公司按照实际工作天数支付工资，并退还扣除的1000元。
- 在协商过程中，你可以引用相关法律法规来支持你的观点，增加协商的成功率。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在投诉或申请仲裁时，你需要提供相关证据来证明公司的扣除行为不合法，如劳动合同、工资条、工作记录等。
三、可能面临的法律后果
- 如果公司确实存在违法扣除工资的行为，那么它可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，你也有权要求公司支付被扣除的工资以及可能产生的经济补偿金。
建议：我建议你先查看劳动合同中的相关条款，然后与公司进行协商。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。