结论前置：申请工伤认定时，若超过申请期限是由于不属于职工或其近亲属自身原因造成的，那么被耽误的时间将不计入工伤认定申请期限内。这一规定旨在保障职工的合法权益，确保他们不会因不可控因素而失去工伤认定的机会。
法律背景与具体情形：
根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第七条，以下情形被认定为不属于职工或者其近亲属自身原因，导致超过工伤认定申请期限的，被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内：
不可抗力：如自然灾害（地震、洪水等）导致无法及时申请工伤认定。例如，某地区发生地震，导致交通中断、通讯受阻，职工或其近亲属无法及时提交工伤认定申请，此时因地震导致的延误时间将不计入申请期限。
人身自由受到限制：如因法律程序（拘留、监禁等）而无法提出申请。例如，职工因涉嫌犯罪被拘留，期间无法提出工伤认定申请，那么拘留期间的时间将不计入申请期限。
属于用人单位原因：如用人单位隐瞒信息或不配合申请导致错过期限。例如，用人单位故意隐瞒职工受伤事实，或者拒绝提供必要的证明材料，导致职工或其近亲属无法及时申请工伤认定，此时因用人单位原因导致的延误时间将不计入申请期限。
社会保险行政部门登记制度不完善：如因制度问题导致的延误。例如，社会保险行政部门的登记系统出现故障，导致职工或其近亲属无法及时提交申请，那么因系统故障导致的延误时间将不计入申请期限。
当事人对是否存在劳动关系申请仲裁、提起民事诉讼：在等待仲裁或诉讼结果期间耽误的申请时间。例如，职工与用人单位就劳动关系是否存在发生争议，职工在申请仲裁或提起民事诉讼期间无法申请工伤认定，那么等待仲裁或诉讼结果的时间将不计入申请期限。
法律建议与操作指南：
证据收集与提供：职工或其近亲属应尽快收集相关证据，以证明申请期限的耽误是由于不属于自身原因造成的。证据类型可能包括医疗记录、事故报告、证人证言、公安机关的拘留通知书、法院的判决书、仲裁裁决书等。证据的充分性和确凿性是社会保险行政部门认可申请期限延误的关键。
时间计算与扣除：被耽误的时间应从导致延误的原因发生之日起算，至该原因消除之日止。例如，若因劳动关系争议申请仲裁，从申请仲裁之日起至仲裁裁决生效之日止的时间应予以扣除。准确计算并扣除被耽误的时间，对于确保职工的工伤认定申请得到有效处理至关重要。
可能法律后果：
若职工或其近亲属能够证明超过工伤认定申请期限是由于不属于自身原因造成的，那么被耽误的时间将不计入申请期限内，职工仍有机会获得工伤认定并享受相应的工伤保险待遇。反之，若无法证明或证明不足，则可能因超过申请期限而失去工伤认定的机会，进而无法获得工伤保险待遇。
进一步思考：
在实际操作中，职工或其近亲属应密切关注工伤认定的申请期限，并尽可能在期限内提交申请。若因特殊原因无法及时提交，应尽快收集证据并咨询专业律师（即向我咨询），以便更有效地维护自己的合法权益。同时，用人单位也应积极配合职工或其近亲属的工伤认定申请，提供必要的证明材料，避免因自身原因导致职工错过申请期限。