医疗机构未经备案的制剂，其处罚依据主要依据《中华人民共和国中医药法》的相关规定。具体来说：

1. 处罚依据及内容：

   • 根据《中华人民共和国中医药法》第五十六条，违反本法规定，医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未依照规定备案，或者未按照备案材料载明的要求配制中药制剂的，将按生产假药给予处罚。这里的“按生产假药给予处罚”意味着，除了可能面临没收违法所得、罚款等行政处罚外，还可能涉及更严重的法律后果，如吊销相关资质、承担刑事责任等（具体需根据情节严重程度及造成的后果来判断）。
   • 同时，该条款还规定，举办中医诊所、炮制中药饮片、委托配制中药制剂应当备案而未备案，或者备案时提供虚假材料的，由中医药主管部门和药品监督管理部门按照各自职责分工责令改正，没收违法所得，并处三万元以下罚款，向社会公告相关信息；拒不改正的，责令停止执业活动或者责令停止炮制中药饮片、委托配制中药制剂活动，其直接责任人员五年内不得从事中医药相关活动。虽然这一条款直接针对的是中医诊所、炮制中药饮片、委托配制中药制剂的备案问题，但医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未备案的情况，在性质上与之类似，因此也可参照此条款的精神进行处罚，尤其是当未备案行为未达到按生产假药处罚的严重程度时。

2. 可能的法律后果：

   • 行政处罚：包括责令改正、没收违法所得、罚款、向社会公告相关信息等。罚款的金额可能根据违法情节的严重程度、违法所得的多少等因素来确定。
   • 更严重的处罚：如果未备案的制剂被认定为假药，或者未备案行为导致了严重的后果（如患者健康受损、社会影响恶劣等），那么医疗机构及其直接责任人员可能面临更严厉的处罚，包括吊销相关资质、承担刑事责任等。

3. 建议与措施：

   • 立即备案：如果医疗机构发现其制剂未备案，应立即向相关部门进行备案，以避免可能的法律后果。
   • 加强内部管理：医疗机构应加强内部管理，确保所有制剂都按照规定进行备案，并严格按照备案材料载明的要求进行配制。
   • 寻求法律帮助：如果医疗机构对备案流程或相关法律法规有疑问，或者已经面临法律纠纷，应及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自身合法权益。

总结来说，医疗机构未经备案的制剂将面临严厉的法律处罚，包括行政处罚和可能的刑事责任。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保所有制剂都按照规定进行备案，并严格按照备案要求进行配制。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。