工程80%进度款一审胜诉后，甲方上诉期间起诉结算款不冲突。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 诉讼程序的独立性：

   • 一审胜诉后，甲方上诉是针对一审判决提出的，这并不影响你方就其他未决事项（如结算款）提起诉讼。
   • 上诉期间，原判决并未生效，你方有权就工程结算款这一新的诉讼请求向法院提起诉讼。

2. 诉讼标的的不同：

   • 你方之前起诉的是80%的进度款，而现在起诉的是结算款，这是两个不同的诉讼标的。
   • 法律允许就不同的诉讼标的分别提起诉讼，即使前一案件正在上诉期间。

3. 法院受理的可能性：

   • 只要你方提供的起诉材料符合法院受理条件，法院通常会受理你方关于结算款的起诉。
   • 法院会根据案件的具体情况，包括证据材料、诉讼请求的合理性等因素，来决定是否受理及如何审理。

4. 法律建议：

   • 在提起诉讼前，建议你方充分准备证据材料，包括合同、施工记录、结算单等，以支持你的诉讼请求。
   • 同时，关注一审上诉的进展情况，确保你方的权益不受影响。
   • 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保诉讼程序的顺利进行。

综上所述，工程80%进度款一审胜诉后，甲方上诉期间你方起诉结算款是不冲突的。你方有权就结算款这一新的诉讼请求向法院提起诉讼，并应充分准备证据材料以支持你的诉讼请求。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。