未按照土地出让合同约定开发土地的，可由自然资源主管部门依法进行查处，具体查处方式及程序如下：

1. 调查核实阶段

   • 启动调查：自然资源主管部门在发现或接到举报土地受让人未按合同约定开发土地后，会启动调查程序。调查方式包括但不限于现场勘查、查阅相关文件资料、询问当事人及相关人员等。例如，查看土地现场是否处于闲置状态，有无动工开发迹象；查阅土地出让合同，明确约定的动工开发时间、开发进度等条款；询问土地受让人未按约定开发的原因等。
   • 证据收集：在调查过程中，自然资源主管部门会注重收集各类证据，以证明土地受让人是否存在违约行为。证据类型包括书证（如土地出让合同、规划许可证等）、物证（如土地现场的实物状况）、视听资料（如现场照片、录像等）、证人证言（如周边居民、相关工作人员的陈述）以及当事人的陈述等。

2. 认定违约阶段

   • 违约情形认定：根据调查核实的情况，自然资源主管部门会对照土地出让合同的约定，认定土地受让人是否存在未按约定时间动工开发、开发进度未达到合同要求等违约情形。例如，合同约定受让人应在签订合同后一年内动工开发，但受让人超过一年仍未动工，即可认定为违约。
   • 违约责任确定：在认定违约情形后，自然资源主管部门会根据合同约定以及相关法律法规，确定土地受让人应承担的违约责任。违约责任可能包括支付违约金、赔偿损失、无偿收回土地使用权等。例如，合同中明确约定了未按约定时间动工开发需支付一定比例的违约金，自然资源主管部门会依据该约定要求受让人支付相应违约金。

3. 行政处罚或处理阶段

   • 行政处罚：如果土地受让人的违约行为违反了相关法律法规的规定，自然资源主管部门会依法对其进行行政处罚。常见的行政处罚方式包括警告、罚款等。例如，根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关规定，对闲置土地的，可能会处以土地使用权出让金一定比例的罚款。
   • 其他处理措施：除了行政处罚外，自然资源主管部门还可以根据具体情况采取其他处理措施。如责令限期改正，要求土地受让人在规定期限内按照合同约定进行开发建设；无偿收回土地使用权，对于严重违约且拒不改正的，自然资源主管部门可以依法无偿收回土地使用权，并重新进行出让。

4. 救济途径告知阶段

   • 告知权利：在作出行政处罚决定或其他处理措施前，自然资源主管部门会告知土地受让人享有陈述、申辩的权利，以及要求举行听证的权利（如果符合听证条件）。土地受让人可以在规定期限内提出陈述、申辩意见，或者申请举行听证，以维护自己的合法权益。
   • 行政复议与诉讼：如果土地受让人对自然资源主管部门作出的行政处罚决定或其他处理措施不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。行政复议是向上一级自然资源主管部门或者本级人民政府提出，行政诉讼则是向有管辖权的人民法院提起。通过行政复议或诉讼程序，土地受让人可以进一步维护自己的合法权益，对行政行为的合法性进行审查。

在实际操作中，不同地区可能会根据当地的实际情况和具体政策，对查处程序和处罚标准进行一定的细化和调整。因此，在具体案件中，还需要结合当地的相关规定进行处理。如果您遇到此类问题，欢迎直接向我咨询。