结论：是否需要赔偿违约金，取决于三方协议中的具体约定以及公司不录用的具体原因。如果公司因您患有重大疾病而违反约定不录用，且该疾病不属于协议中约定的可解除合同的情形，那么您通常不需要赔偿违约金；但如果协议中有明确规定且符合法律规定，同时您的情况不构成免责事由，那么您可能需要按照协议约定赔偿违约金。以下是对此问题的详细分析：

一、三方协议的法律性质

三方协议，通常指的是毕业生、用人单位和学校三方之间签订的就业协议，它具有一定的法律效力，是明确三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。这份协议一旦签订，各方都应严格遵守，否则可能构成违约。

二、违约金的约定与赔偿

1. 违约金的约定：三方协议中通常会约定违约金条款，用于约束各方在协议履行过程中的行为。如果一方违反协议约定，另一方有权要求其支付违约金。

2. 赔偿的条件：

   • 协议中有明确约定：如果三方协议中明确规定了因某种原因（如毕业生患有重大疾病）导致用人单位不录用时，毕业生需要支付违约金的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么毕业生在违反该条款时，可能需要支付违约金。
   • 公司不录用的原因：如果公司因为您患有重大疾病而违反约定不录用您，但该疾病并不属于协议中约定的可以解除合同的情形，或者公司无法证明该疾病会影响您正常履行工作职责，那么公司的不录用行为可能构成违约，您通常不需要支付违约金。
   • 免责事由：如果协议中约定了某些免责事由（如不可抗力、毕业生因故无法按时报到等），且您的情况符合这些免责事由，那么您可能不需要支付违约金。

三、重大疾病对协议履行的影响

1. 健康权保障：根据相关法律法规，劳动者享有健康权，用人单位不得因劳动者患有疾病而歧视或拒绝录用。如果公司因为您患有重大疾病而拒绝录用，且该疾病并不影响您正常履行工作职责，那么公司的行为可能违反了法律法规的强制性规定。

2. 协议履行障碍：如果您的重大疾病确实影响了您正常履行工作职责，且该情况在协议签订时并未预见或无法预见，那么这可能构成协议履行的障碍。在这种情况下，双方可以协商解除协议或变更协议内容，而无需支付违约金。

四、建议与措施

1. 审查协议条款：首先，您需要仔细审查三方协议中的条款，特别是关于违约金的约定和解除合同的情形。

2. 与公司沟通：如果公司因为您患有重大疾病而拒绝录用，您可以与公司进行沟通，了解具体原因，并尝试协商解决方案。

3. 寻求法律帮助：如果您认为公司的行为违反了法律法规或协议约定，且无法与公司协商解决，您可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

最后，是否需要赔偿违约金取决于多种因素，包括协议中的具体约定、公司不录用的具体原因以及您的健康状况等。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。