针对您提出的“饿了么运营公司员工旷工两个月怎么处理”的问题，这确实是一个涉及公司规章制度与员工权益的重要议题。以下是我根据相关法律法规及一般企业实践，为您提供的详细解答：

一、旷工的定义与后果

旷工通常指的是员工未经公司批准，擅自离开工作岗位或未按时到岗工作的行为。在大多数公司的规章制度中，旷工会被视为严重违反劳动纪律的行为，并可能引发一系列的纪律处分，包括但不限于警告、罚款、降职、解雇等。

二、饿了么运营公司的具体规定

虽然您未直接提供饿了么运营公司的具体规章制度，但一般来说，大型企业都会制定详细的《员工手册》或《考勤管理制度》，其中会明确规定旷工的定义、旷工的次数或时长与纪律处分之间的对应关系。例如，有些公司可能规定“连续旷工超过3天或半年内累计旷工超过5天，公司有权解除劳动合同”。

三、旷工两个月的处理建议

1. 核实旷工事实：

   • 公司应首先通过考勤记录、监控视频、同事证言等多种方式，核实员工确实存在旷工两个月的事实。

2. 依据规章制度处理：

   • 根据公司制定的《员工手册》或《考勤管理制度》，确定旷工两个月所对应的纪律处分。如果规章制度中明确规定了旷工达到一定时长可以解除劳动合同，那么公司有权依法解除与该员工的劳动合同。

3. 履行法定程序：

   • 在解除劳动合同前，公司应确保已经履行了告知工会的法定程序（如果公司设有工会的话），并保留好相关证据。
   • 同时，公司应向员工发出书面解除劳动合同的通知，明确解除的理由、依据和生效时间。

4. 考虑特殊情况：

   • 如果员工旷工是由于特殊原因（如突发疾病、家庭变故等）且能够提供充分证据证明的，公司可以考虑给予一定的宽限或特殊处理。但这种情况需要员工主动向公司说明情况并申请请假或特殊处理。

5. 法律风险防范：

   • 在处理旷工员工时，公司应确保所有操作都符合《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，以避免引发劳动争议或法律风险。

四、案例参考

虽然您提供的参考信息中主要涉及的是员工长时间滞留卫生间被解雇的案例，但这个案例也从一个侧面说明了公司规章制度的重要性以及法院在审理此类案件时对于规章制度合法性和合理性的审查标准。在处理旷工员工时，公司同样需要确保自己的规章制度是合法、合理且经过民主程序制定的。

五、总结与建议

综上所述，对于旷工两个月的员工，饿了么运营公司应首先核实旷工事实，然后依据公司规章制度和法律法规的规定进行处理。在处理过程中，公司应确保所有操作都合法合规，并充分考虑员工的特殊情况和权益保护。如果可能的话，公司还可以考虑与员工进行协商和解，以达成双方都能接受的解决方案。