结论：泵站值班双方协商24小时工作、48小时休息的制度是否合法，需结合具体法律规定和实际情况来判断，一般情况下，这种工作制度可能不合法，但若符合特定条件并经过审批，则可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的合法性分析
工作时间限制：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间一般不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若泵站值班实行24小时工作制，显然超出了这一限制。
- 即使考虑特殊工时制度（如综合计算工时工作制或不定时工作制），也需要经过劳动行政部门的审批，并且要确保劳动者的平均工作时间和休息休假权利不受侵害。
休息休假权利：
- 劳动者有权享受休息休假，包括每日的休息时间和每周的休息日。24小时工作、48小时休息的制度，虽然看似提供了较长的休息时间，但连续24小时的工作可能对劳动者的身心健康造成严重影响，违反了劳动法关于保护劳动者身心健康的原则。
二、特定条件下的合法性分析
特殊工时制度的审批：
- 如果泵站因生产特点或工作性质需要实行特殊工时制度（如综合计算工时工作制或不定时工作制），并且已经依法向劳动行政部门申请并获得了批准，那么这种工作制度在特定条件下可能是合法的。
- 但即使如此，也需要确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并且要保障劳动者的休息休假权利。
劳动合同的约定：
- 双方协商一致是劳动合同订立和变更的重要原则。如果劳动者和用人单位在劳动合同中明确约定了24小时工作、48小时休息的制度，并且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么从合同法的角度来看，这种约定可能是有效的。
- 但需要注意的是，即使劳动合同中有这样的约定，如果实际上违反了劳动法关于工作时间、休息休假等强制性规定，劳动者仍然有权要求用人单位改正或寻求法律救济。
三、法律建议
对于用人单位：
- 应严格遵守劳动法关于工作时间、休息休假等规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。
- 如果因生产特点或工作性质需要实行特殊工时制度，应依法向劳动行政部门申请并获得批准。
对于劳动者：
- 如果认为自己的工作时间、休息休假等权益受到了侵害，可以向用人单位提出异议或要求改正。
- 如果用人单位拒绝改正或无法达成一致意见，可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律救济。
总结来说，泵站值班双方协商24小时工作、48小时休息的制度在一般情况下可能不合法，但若符合特定条件（如特殊工时制度的审批、劳动合同的合法约定）并经过相关审批程序，则可能合法。不过，无论何种情况，都应确保劳动者的身心健康和合法权益不受侵害。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。