结论：约定仲裁的建工合同，在符合法定条件的情况下，可以突破专属管辖的限制，即当事人可以选择通过仲裁方式解决纠纷，而不受专属管辖的约束。但需注意，若仲裁协议存在无效情形，则可能无法突破专属管辖。
分析说明：
仲裁协议的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果建工合同中明确约定了仲裁条款，且该条款有效，那么当事人应当通过仲裁方式解决纠纷，而不是向法院提起诉讼。
- 仲裁协议的有效性取决于多个因素，包括但不限于：双方是否具有签订仲裁协议的民事行为能力、仲裁协议是否为双方真实意思表示、仲裁事项是否属于可仲裁范围、仲裁协议是否具有明确的仲裁机构和仲裁规则等。
专属管辖的适用与突破：
- 专属管辖是指法律强制规定某类案件必须由特定的法院管辖，其他法院无权管辖，当事人也不得以协议改变的管辖。在建工合同领域，通常存在一定程度的专属管辖规定，如建设工程合同纠纷由建设工程所在地人民法院管辖。
- 然而，当建工合同中约定了有效的仲裁条款时，这一约定即构成了对专属管辖的突破。因为仲裁协议具有排除法院管辖的效力，只要仲裁协议有效，当事人就应当通过仲裁方式解决纠纷，而无需考虑专属管辖的规定。
仲裁协议无效的情形：
- 尽管仲裁协议具有排除法院管辖的效力，但如果仲裁协议存在无效情形，则可能无法突破专属管辖。这些无效情形包括但不限于：无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议、仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确且双方当事人达不成补充协议等。
- 在仲裁协议无效的情况下，当事人可以向法院提起诉讼，此时专属管辖的规定将重新适用。
法律建议：
- 在签订建工合同时，如果当事人希望选择仲裁方式解决纠纷，应当明确约定有效的仲裁条款，并确保该条款符合《中华人民共和国仲裁法》的相关规定。
- 如果当事人对仲裁协议的效力存在疑问，或者担心仲裁协议可能因某种原因而无效，可以在合同中同时约定诉讼管辖条款作为备选方案。但需注意，这种约定可能因违反“或裁或审”原则而被认定为无效。
- 在发生纠纷时，当事人应当首先审查仲裁协议的效力，并根据仲裁协议的效力情况选择合适的纠纷解决方式。如果仲裁协议有效，则应当通过仲裁方式解决纠纷；如果仲裁协议无效，则可以考虑向法院提起诉讼。
后续行动与可能后果：
- 如果当事人选择通过仲裁方式解决纠纷，应当按照仲裁协议约定的仲裁机构和仲裁规则进行仲裁程序。仲裁裁决具有终局性，对双方当事人均具有约束力。
- 如果当事人选择向法院提起诉讼，且法院认为仲裁协议无效或者不存在有效的仲裁协议，则法院将依法受理案件并按照专属管辖的规定进行审理。此时，当事人需要遵守法院的诉讼程序和判决结果。