结论：是否合理需分情况讨论，主要取决于事故责任归属、公司规章制度及劳动合同约定。以下从不同角度展开分析：

1. 若事故责任完全在司机（如违规操作、酒驾等）

• 公司要求司机承担部分费用可能合理：根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益的，应承担侵权责任。若司机因故意或重大过失导致事故，公司可依据内部规章制度或劳动合同约定，要求司机分担部分损失（如保险免赔额、车辆维修费等）。
• 需注意程序合法性：公司需证明司机存在过错（如监控录像、交警认定书等），且规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能因“霸王条款”被认定无效。

2. 若事故责任在第三方或不可抗力（如其他车辆违规、恶劣天气）

• 公司要求司机承担费用通常不合理：此时事故属于意外或第三方过错，司机无主观过错，公司应通过保险理赔覆盖损失。若公司强行扣款，可能违反《劳动合同法》第9条（禁止克扣工资）及第38条（未及时足额支付劳动报酬可解除合同并索赔）。

3. 若劳动合同或公司制度中有明确约定

• 需区分约定是否合法：
  • 合法约定：若合同明确约定“司机需承担部分事故损失（如保险免赔额）”，且该条款不违反法律强制性规定（如未免除公司法定责任、未排除劳动者权利），则可能被认定有效。
  • 违法约定：若条款要求司机承担全部损失、超出实际损失范围，或未明确告知司机（如未签字确认），则可能因显失公平或程序违法被撤销。

4. 保险理赔范围的影响

• 若保险已全额覆盖损失：公司无权要求司机额外付费。
• 若保险存在免赔额或拒赔情形：公司可依据责任划分，要求司机承担免赔部分或拒赔损失，但需证明司机存在过错。

建议行动

1. 核查事故责任认定：要求公司提供交警事故认定书，明确责任比例。
2. 审查劳动合同和制度：确认是否有相关条款，及条款是否合法有效。
3. 协商或投诉：若公司要求不合理，可先协商；协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
4. 保留证据：保存工资条、扣款通知、事故认定书等材料，以备维权使用。

如有进一步细节（如事故原因、合同条款等），可继续向我咨询，我会结合具体情况为您分析。