双方签字按手印且有见证人的协议，在符合法定条件的情况下，是具有法律效力的。以下从多个角度为你详细分析：
法律效力基础
签字与按手印的法律意义：
- 签字：签字是当事人对协议内容认可并愿意受其约束的一种明确表示。只要签字人具备相应的民事行为能力，且签字行为是其真实意愿的体现，那么签字就具有法律效力。
- 按手印：按手印在一定程度上增加了签字的真实性和证明力。由于每个人的指纹都是独一无二的，因此手印具有唯一性，可以更有效地证明签字是当事人的真实行为。虽然法律并未强制要求签字时必须按手印，但按手印可以作为一种增强证明力的方式。
见证人的作用：
- 见证人的存在主要是为了证明协议签订过程的真实性和合法性。见证人应当具备相应的民事行为能力，并清楚知晓见证行为的意义和后果。见证人在协议上签字，表示其见证了协议的签订过程，并确认协议内容是双方真实意愿的体现。
法律效力条件
要使双方签字按手印且有见证人的协议具有法律效力，还需满足以下条件：
行为人具有相应的民事行为能力：
- 签订协议的双方必须具备完全民事行为能力，能够独立进行民事活动并承担民事责任。如果一方或双方不具备民事行为能力，那么协议可能因主体不适格而无效。
意思表示真实：
- 协议的内容必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果一方通过不正当手段迫使对方签订协议，那么该协议可能被撤销或认定无效。
内容合法且不违背公序良俗：
- 协议的条款不能违反国家法律法规的强制性规定，也不能损害社会公共利益或违背公序良俗。例如，以违法犯罪为内容的协议，或明显不公平、损害弱势群体利益且违背道德伦理的协议，均不具有法律效力。
形式符合法律规定：
- 虽然签字按手印是常见的确认方式，但法律可能要求某些协议必须以书面形式签订，或者必须经过公证、鉴证等特定程序才能生效。如果法律或行政法规有此类规定，或者当事人之间有此约定，则必须遵守。否则，即使双方签字按手印且有见证人，协议也可能因形式不合法而无效。不过，在大多数情况下，双方签字按手印的协议已经满足了形式要求。
特殊情况说明
见证人资质与责任：
- 见证人应当是中立的第三方，与协议双方无利害关系。如果见证人与协议一方存在利害关系，可能会影响其见证的公正性和有效性。此外，见证人虽然不直接承担协议中的权利义务，但如果因其过错导致见证不实或见证过程存在瑕疵，可能会承担一定的法律责任。
协议瑕疵与争议处理：
- 如果协议存在笔误、歧义或其他可能导致误解的情况，双方应协商解决；协商不成的，可寻求法律途径解决。在争议解决过程中，签字按手印以及见证人的存在将作为重要证据，有助于法院或仲裁机构查明事实、作出公正裁决。
总结与建议：双方签字按手印且有见证人的协议，在符合法定条件的情况下，是具有法律效力的。为了确保协议的合法有效性和避免潜在纠纷，建议在签订协议前仔细审查协议内容，确保双方具备相应的民事行为能力、意思表示真实、内容合法且不违背公序良俗。如果涉及重大财产处分或复杂权利义务关系，还可以考虑对协议进行公证或鉴证，以进一步增强其证明力和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。