双方签订的协议有见证人签字，并不直接决定协议的法律效力，协议的法律效力主要取决于是否满足一系列法定条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议生效的核心要件
合同主体合格：
- 签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力。完全民事行为能力人可以独立签订协议；限制民事行为能力人签订的纯获利益或与其能力相适应的合同有效，其他需法定代理人追认；无民事行为能力人独立签订的协议无效。
- 法人和其他组织应在经营范围内或法律规定权限内签订协议。
意思表示真实：
- 协议必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。若存在此类情况，受影响的一方有权请求法院或仲裁机构撤销协议。
内容合法：
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。例如，违法交易（如毒品交易）的协议无效。
形式符合要求：
- 如法律、行政法规或当事人约定协议应采用特定形式（如书面形式），则协议必须符合该形式要求。未遵守形式要求的协议可能会影响其效力及后续纠纷处理。
二、见证人签字的作用
见证人签字在协议中主要起到见证协议签订过程的作用，它本身并不直接赋予协议法律效力。然而，在某些特定情况下，见证人的存在可能有助于证明协议签订的真实性和合法性，尤其是在涉及复杂交易或存在争议时。但即便如此，见证人签字也不是协议生效的必要条件。
三、特殊情况下的见证人要求
尽管见证人签字不是协议生效的普遍要求，但在某些特定类型的协议中，法律可能明确规定需要见证人在场。例如：
- 代书遗嘱：根据《中华人民共和国民法典》的规定，代书遗嘱应当有两个以上见证人在场见证，由其中一人代书，并由遗嘱人、代书人和其他见证人签名，注明年、月、日。如果没有符合条件的见证人在场见证，代书遗嘱将被认定无效。
- 打印遗嘱：同样地，打印遗嘱也需要有两个以上见证人在场见证，并且遗嘱人和见证人应当在遗嘱每一页签名，注明年、月、日。否则，打印遗嘱也可能被视为无效。
四、法律建议
- 确保协议内容合法：在签订协议前，务必仔细审查协议内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
- 确保意思表示真实：协议必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如有必要，可以寻求专业律师的帮助，以确保协议签订过程的合法性和真实性。
- 遵守形式要求：如果法律、行政法规或当事人约定协议应采用特定形式（如书面形式），则务必遵守该形式要求。
- 考虑见证人：虽然见证人签字不是协议生效的必要条件，但在某些特定情况下，考虑邀请见证人见证协议签订过程可能有助于证明协议的真实性和合法性。
综上所述，双方签订的协议有见证人签字并不直接决定协议的法律效力。协议的法律效力主要取决于是否满足合同主体合格、意思表示真实、内容合法以及形式符合要求等核心要件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。