结论：协会决策仅由会长、秘书长两人拟定，理事会形式举手表决是否合法，需结合协会章程及相关法律法规综合判断。若章程未明确规定决策拟定程序且表决程序合法，则可能合法；若章程有明确规定或表决程序存在瑕疵，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：

一、协会章程的约定

1. 章程的权威性：协会章程是协会的基本准则，对协会及其成员具有约束力。章程中通常会规定协会的决策机构、决策程序以及表决方式等。
2. 决策拟定程序：若协会章程明确规定了决策的拟定程序，如需由特定机构或人员拟定，或需经过特定程序（如征求意见、专家论证等）后才能提交表决，则会长、秘书长两人拟定决策的行为需符合章程规定。若章程未明确规定，则需进一步分析其他因素。
3. 表决程序：章程中通常会规定表决的方式（如举手表决、投票表决等）以及表决的通过条件（如简单多数、绝对多数等）。若理事会举手表决的程序符合章程规定，且表决结果达到了通过条件，则表决程序合法。

二、相关法律法规的适用

1. 法律法规的普遍性：除了协会章程外，还需考虑相关法律法规对协会决策程序的规定。例如，《社会团体登记管理条例》等法规可能对协会的决策机构、决策程序等有所规定。
2. 合法性判断：若协会章程的规定与相关法律法规相冲突，则应以法律法规为准。若会长、秘书长两人拟定决策的行为以及理事会举手表决的程序违反了法律法规的规定，则该决策程序不合法。

三、实际操作中的合法性判断

1. 决策拟定人员的合法性：若协会章程未明确规定决策的拟定人员，且会长、秘书长两人具备相应的决策能力和经验，且其拟定决策的行为未损害协会或成员的利益，则该行为可能被视为合法。
2. 表决程序的合法性：理事会举手表决的程序需符合章程规定，且表决过程需公开、公正、透明。若表决过程中存在操纵表决、虚假表决等行为，则表决程序不合法。
3. 决策结果的合法性：即使决策拟定程序和表决程序均合法，但决策结果若违反了法律法规或协会章程的规定，或损害了协会或成员的利益，则该决策结果仍可能被视为不合法。

四、建议

1. 审查协会章程：建议协会首先审查其章程，明确决策拟定程序和表决程序的规定。
2. 完善决策程序：若章程中存在不明确或模糊的规定，建议协会及时修订章程，完善决策程序，确保决策的合法性和有效性。
3. 加强监督与制约：建议协会建立有效的监督机制，对决策拟定和表决过程进行监督，防止权力滥用和决策失误。

若您在协会决策程序方面遇到具体问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。