对自家楼顶的历史遗留违建进行翻建，若未取得相关许可，通常算违法。以下从多个角度为您详细分析：
一、楼顶的使用权与共有权
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，楼顶作为建筑物的共有部分，其使用权一般归全体业主共有，而非仅归顶楼业主所有。这意味着，顶楼业主在使用楼顶时，应遵守相关法律法规和业主公约，不得损害其他业主的合法权益。因此，即使是对历史遗留的违建进行翻建，也需要考虑到其他业主的权益，不能擅自进行。
二、城乡规划与建设许可
规划许可：根据《中华人民共和国城乡规划法》的规定，任何单位和个人进行建设活动，都必须符合城乡规划的要求，并取得相应的规划许可。对于历史遗留的违建，即使其存在已久，但翻建行为仍然需要符合当前的城乡规划要求，并取得规划许可。
建设许可：除了规划许可外，进行建设活动还需要取得建设工程施工许可。这通常涉及到施工图纸的审查、施工单位的资质审核等多个环节。未经许可擅自进行翻建，将可能面临行政处罚，甚至可能构成违法建设行为。
三、历史遗留违建的特殊处理
对于历史遗留的违建，不同地区和不同情况下可能有不同的处理方式。一些地区可能会出台相关政策，对历史遗留违建进行分类处理，如补办手续、罚款后合法化等。然而，这并不意味着所有历史遗留违建都可以随意翻建。在翻建前，您仍然需要咨询当地城乡规划主管部门或相关部门，了解具体的处理政策和要求。
四、合法翻建的具体步骤（若符合规划且允许翻建）
咨询规划部门：在翻建前，应咨询当地城乡规划主管部门，了解相关规划要求和审批流程。
提交申请材料：按照城乡规划主管部门的要求，准备并提交相关的申请材料，包括建筑设计方案、施工图纸等。这些材料需要符合当前的城乡规划要求，并体现出对原有违建的合理改造和利用。
等待审批结果：城乡规划主管部门会对申请材料进行审核，并出具审批意见。若审批通过，则可按照批准的方案进行翻建；若审批不通过，则需按照要求进行修改或放弃翻建计划。
五、法律后果与风险提示
若未经许可擅自对历史遗留违建进行翻建，可能面临以下法律后果：
行政处罚：城乡规划主管部门或城市管理执法部门有权对违法建设行为进行行政处罚，包括罚款、责令停止建设、限期拆除等。
民事纠纷：翻建行为可能损害其他业主的合法权益，引发民事纠纷。其他业主有权要求您停止侵害、恢复原状或赔偿损失等。
刑事责任：在极端情况下，若翻建行为构成严重违法或犯罪行为（如故意毁坏财物罪等），还可能面临刑事责任的追究。
建议：在翻建前，务必咨询当地城乡规划主管部门或相关部门，了解具体的规划要求和审批流程。同时，也建议您与其他业主进行充分沟通，确保翻建行为不会损害他们的合法权益。若您对具体法律问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。