结论：关于夜班消防控制室一个人上厕所还规定三次是否合法的问题，这主要取决于该规定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否侵犯了员工的合法权益。从一般情况来看，如果规定过于严苛，限制了员工的正常生理需求，可能涉嫌违法。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规角度
劳动法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，并合理安排工作时间和休息时间，确保劳动者有足够的休息时间以恢复体力和精力。
- 如果规定夜班消防控制室员工上厕所的次数，且该规定过于严苛，导致员工无法满足正常生理需求，可能违反了劳动法中关于保障劳动者休息休假权利的规定。
安全生产相关规定：
- 消防控制室作为重要的安全设施，其工作人员需要保持高度的警觉和专注。然而，这并不意味着可以忽视员工的正常生理需求。
- 安全生产法规要求用人单位提供安全的工作环境，包括合理的休息设施和休息时间，以确保员工能够以最佳状态投入工作。如果规定上厕所次数过多或过少，都可能对员工的工作效率和安全产生负面影响。
二、合理性角度
规定是否合理：
- 规定夜班消防控制室员工上厕所的次数，需要考虑到员工的实际生理需求和工作性质。如果规定过于严苛，如限制上厕所次数过少，可能导致员工无法及时解决生理问题，进而影响工作效率和身心健康。
- 相反，如果规定过于宽松，如允许员工随意上厕所，可能影响消防控制室的正常运转和安全。因此，合理的规定应当是在保障员工正常生理需求的同时，确保消防控制室的安全和高效运转。
员工权益保护：
- 员工有权享受合理的休息和休假时间，包括上厕所等正常生理需求。用人单位应当尊重并保护员工的这些权益，不得通过不合理规定进行限制或剥夺。
三、建议与措施
与用人单位沟通：
- 如果员工认为规定不合理或侵犯了自己的权益，可以与用人单位进行沟通，提出自己的意见和建议。用人单位应当认真听取员工的意见，并根据实际情况进行调整和完善。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。在必要时，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，夜班消防控制室一个人上厕所还规定三次是否合法，需要综合考虑法律法规的强制性规定、规定的合理性以及员工权益的保护等因素。如果规定过于严苛或侵犯了员工的合法权益，可能涉嫌违法。因此，建议用人单位在制定相关规定时，充分考虑员工的实际需求和权益保护，确保规定的合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。