关于劳动合同晚签三个月申请赔偿的有效期问题，结论前置如下：
- 申请赔偿的时效期间：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这意味着，如果劳动合同晚签了三个月，您想要申请赔偿，应当自知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
详细解释与多角度分析：
时效期间的起算点：
- 通常情况下，时效期间从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。在劳动合同晚签的情境中，这通常指的是您入职后，发现公司未在合理时间内与您签订书面劳动合同的那一刻。然而，由于实际操作中可能存在信息不对称或公司隐瞒等情况，具体起算点可能需要根据实际情况判断。
- 值得注意的是，如果公司未与您签订书面劳动合同的行为持续存在（即一直未签订），那么时效期间可能从您离职或公司明确拒绝签订劳动合同之日起计算。但这种情况较为特殊，需具体分析。
赔偿的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这是您申请赔偿的主要法律依据。
- 因此，在劳动合同晚签三个月的情况下，您有权要求公司支付这三个月的双倍工资差额（即额外支付三个月的工资）。
申请仲裁的流程：
- 在决定申请仲裁前，建议您先与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。
- 仲裁申请需要准备相关证据材料，如工作证明、工资单、未签订劳动合同的证明等。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
注意事项：
- 请您务必在时效期间内提出仲裁申请，否则将可能丧失申请仲裁的权利。
- 在申请仲裁前，建议您咨询专业律师或法律援助机构，以获取更详细的法律指导和帮助。
特殊情况说明：
- 如果您在劳动合同晚签期间已经与公司就赔偿问题达成过协议，但公司未履行协议内容，那么您仍然有权在时效期间内申请仲裁，要求公司履行协议或支付相应的赔偿。
- 如果您在劳动合同晚签期间已经离职，但离职时未就赔偿问题与公司达成协议，那么您同样有权在时效期间内申请仲裁，要求公司支付未签订劳动合同期间的双倍工资差额。
总结与建议：
劳动合同晚签三个月申请赔偿的有效期为一年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。在此期间内，您有权要求公司支付未签订劳动合同期间的双倍工资差额。为了保障您的合法权益，建议您及时咨询专业律师或法律援助机构，了解具体的申请流程和所需材料，并在时效期间内提出仲裁申请。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。