代理公司拒收质疑函时，财政部门应当依法要求代理公司接收并处理质疑函，若代理公司仍不履行义务，财政部门可采取进一步监管措施，包括但不限于警告、罚款等，并确保供应商的合法权益得到保障。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与权利赋予
根据《政府采购法》等相关法律法规，供应商在法定质疑期内享有对采购过程中存在疑问或不满的事项提出质疑的权利。质疑函作为供应商表达这种质疑的正式文书，是其维护自身权益的合法手段。法律明确赋予了供应商这一权利，旨在确保采购活动的公平、公正和透明。
二、代理公司的义务
接收义务：代理公司在收到供应商发出的质疑函时，有责任和义务依法接收。拒收质疑函将阻碍供应商行使正当权利，违反法定程序，损害供应商的合法权益。
处理义务：接收质疑函后，代理公司应认真审查质疑内容，并按照相关法律法规的要求进行处理。这包括但不限于对质疑事项的调查、核实，以及及时给予供应商回复等。
三、财政部门的处理措施
当代理公司拒收质疑函时，财政部门作为政府采购的监管部门，应当采取以下措施：
要求接收：财政部门应首先要求代理公司接收质疑函，并明确告知其拒收质疑函的违法性和可能面临的法律责任。
监督处理：在代理公司接收质疑函后，财政部门应监督其按照法律法规的要求对质疑事项进行处理，确保供应商的合法权益得到保障。
采取监管措施：若代理公司仍不履行接收和处理质疑函的义务，财政部门可依法采取进一步的监管措施，如警告、罚款等，以维护政府采购的公正性和合法性。
四、法律责任与后果
如果代理公司拒收质疑函或未按照法律法规要求处理质疑事项，他们可能会面临法律上的责任。这种行为不仅违反了法律法规，也破坏了公平竞争的采购环境，损害了供应商的合法权益。在极端情况下，还可能引发法律诉讼，导致更严重的法律后果。
五、建议与指导
为了确保政府采购活动的顺利进行和供应商的合法权益得到有效保障，我建议：
代理公司：应加强内部培训和管理，提高工作人员对法律法规的认识和遵守意识，确保在收到质疑函时能够依法接收并处理。
供应商：在发出质疑函时，应确保质疑函的内容清晰、明确，并附上相关证据材料，以便代理公司能够更好地理解和处理质疑事项。
财政部门：应加强对政府采购活动的监管力度，定期对代理公司的质疑处理情况进行检查和评估，确保政府采购活动的公正性和合法性。
若您在政府采购或相关领域遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业、全面的法律服务。