劳务派遣工资超过5000元时，个人所得税的扣除责任在于劳务派遣员工本人，而非用人单位（即劳务派遣公司或实际用工单位）。以下是对这一问题的详细解释：
一、个人所得税的纳税义务人
根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税的纳税义务人是取得所得的个人。在劳务派遣关系中，虽然员工与劳务派遣公司签订劳动合同，但实际提供劳务并获得工资薪金的是员工本人。因此，员工是个人所得税的纳税义务人，有义务就其取得的工资薪金所得申报并缴纳个人所得税。
二、劳务派遣中的工资支付与个税扣除
工资支付：在劳务派遣关系中，劳务派遣公司作为用人单位，负责向员工支付工资。但实际用工单位会向劳务派遣公司支付劳务费用，其中包括员工的工资、社保等费用。
个税扣除：劳务派遣公司在向员工支付工资时，会按照税法规定，从员工工资中代扣代缴个人所得税。这一过程是基于员工本人的纳税义务，而非劳务派遣公司或实际用工单位的责任。如果工资超过5000元的起征点，就需要按照相应的税率进行扣税。
三、特殊情况下的个税处理
虽然一般情况下劳务派遣员工的个税由本人承担，但在某些特殊情况下，如劳务派遣公司与实际用工单位之间有特别约定，或者存在其他法律、行政法规规定的情形，可能会涉及个税的特殊处理。然而，这些情况并不改变个人所得税的纳税义务人仍然是员工本人的基本原则。
四、法律建议
了解税法规定：作为劳务派遣员工，应了解个人所得税的相关法律规定，明确自己的纳税义务和扣税标准。
保留工资条等证据：为了维护自己的合法权益，员工应妥善保留工资条等证据，以便在发生争议时能够证明自己的工资收入和扣税情况。
咨询专业律师：如果对个税扣除有疑问或遇到争议，可以向专业律师咨询，了解自己的权利和义务，以及可能的法律途径和解决方案。
总结来说，劳务派遣工资超过5000元时，个人所得税的扣除责任在于员工本人。劳务派遣公司作为用人单位，会按照税法规定从员工工资中代扣代缴个人所得税。如果对个税扣除有疑问或遇到争议，建议向我咨询以获取更专业的法律帮助。