结论：原告认为被告与法院工作人员有关系，在立案时一般不可以直接申请指定管辖，但可以在案件受理后，通过提出回避申请或管辖权异议等方式来寻求公正的审判环境。

分析说明：

1. 指定管辖的适用条件：

   • 指定管辖通常适用于因特殊原因（如管辖权争议、原管辖法院不宜行使管辖权等）导致案件无法由原管辖法院审理的情况。
   • 原告仅因认为被告与法院工作人员有关系，并不直接构成指定管辖的法定理由。

2. 回避申请：

   • 如果原告认为法院工作人员与被告存在利害关系或其他可能影响公正审判的关系，可以在案件受理后，向法院提出回避申请。
   • 回避申请是针对具体审判人员或书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等提出的，要求其不得参与本案的审理。
   • 法院会根据回避申请的理由和事实，决定是否同意回避。如果同意，会更换相应的审判人员或辅助人员。

3. 管辖权异议：

   • 如果原告认为案件不属于受理法院的管辖范围，或者认为其他法院更适合审理本案，可以在案件受理后，向法院提出管辖权异议。
   • 管辖权异议是针对法院的管辖权提出的，要求法院对案件的管辖权进行重新审查。
   • 法院会根据管辖权异议的理由和事实，决定是否将案件移送至其他有管辖权的法院。

特殊场景：

• 在极少数情况下，如果原告能够提供充分证据证明被告与法院工作人员存在严重的不正当关系，且这种关系已经或可能影响案件的公正审理，法院可能会考虑根据案件的特殊情况，依职权指定其他法院管辖。但这种情况非常罕见，且需要严格的证据支持。

行动建议：

• 如果原告认为被告与法院工作人员有关系，担心影响案件的公正审理，建议首先收集相关证据，以备后续使用。
• 在案件受理后，及时向法院提出回避申请或管辖权异议，并附上相关证据。
• 如果对法院的处理结果不满意，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

法律背景：

• 《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规对回避申请和管辖权异议有明确的规定和程序要求。
• 法院在处理回避申请和管辖权异议时，会严格依法进行审查，确保案件的公正审理。