当施工单位不认可结算二审结果时，这确实是一个需要细致处理的问题，它涉及到合同双方的权益和工程结算的公正性。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：
一、明确争议焦点与合同依据
梳理争议点：
- 仔细分析施工单位不认可二审结果的具体内容，这可能涉及工程量计算、单价确定、费用计取、变更调整等多个方面。
- 明确双方的分歧所在，这是后续沟通和处理的基础。
核对合同条款：
- 回顾施工合同中的相关条款，特别是关于结算方式、计价标准、变更调整等关键内容。
- 确保二审过程严格遵循了合同约定，为争议解决提供坚实的合同依据。
二、积极沟通与协商
组织会议讨论：
- 邀请施工单位代表、二审审计人员及相关专家召开会议，就争议问题进行深入讨论。
- 通过面对面交流，增进理解，尝试寻求共识和解决方案。
提供详细解释：
- 针对施工单位的不认可之处，二审审计人员应提供详细的审计说明和计算依据。
- 解释二审过程中的合理性和公正性，消除施工单位的误解和疑虑。
考虑合理诉求：
- 在坚持原则的基础上，充分考虑施工单位的合理诉求和实际情况。
- 对于确实存在误差或不合理的地方，应及时进行调整和纠正，以体现公平和诚信。
三、寻求第三方协助与法律途径
申请调解：
- 若双方无法达成一致意见，可申请行业协会、专业机构或政府相关部门进行调解。
- 调解过程中，应保持客观公正的态度，积极配合调解工作，寻求双方都能接受的解决方案。
申请仲裁或诉讼：
- 如调解无果，且合同中约定了仲裁条款或双方同意通过法律途径解决争议，则可向约定的仲裁委员会申请仲裁或直接向人民法院提起诉讼。
- 在此过程中，需准备充分的证据材料，包括二审审计报告、合同文件、施工记录、往来函件等，以支持自身主张。
四、后续管理与预防措施
总结经验教训：
- 对本次争议解决过程进行全面总结，分析原因，找出问题所在。
- 为今后的工程结算审计工作提供借鉴和改进方向，避免类似争议再次发生。
完善管理制度：
- 加强工程结算审计的规范化管理，建立健全审计制度和流程。
- 提高审计人员的专业素养和业务能力，确保审计工作的准确性和公正性。
加强合同管理：
- 在签订施工合同时，应明确结算方式、计价标准、变更调整等重要条款。
- 减少因合同条款不清而产生的争议和纠纷，为工程结算提供明确的法律依据。
综上所述，当施工单位不认可结算二审结果时，应通过明确争议焦点、积极沟通协商、寻求第三方协助与法律途径以及加强后续管理与预防等措施来妥善处理。希望这些建议能对您有所帮助。