结论前置：劳动合同中规定“违章操作不予认定工伤”的条款是无效的，违章操作并不影响工伤的认定。只要员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，且不存在特定排除情形，就应当被认定为工伤。

一、工伤认定的基本原则与条件

工伤认定遵循的是无过错责任原则，即不考虑员工在事故中是否存在过错，而主要关注伤害与工作之间的因果关系。根据《工伤保险条例》第十四条的规定，以下情形应当认定为工伤：

1. 在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的：这是工伤认定的核心情形，只要员工在正常的工作时间和工作场所内，因执行工作任务而受到伤害，就应认定为工伤。
2. 工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的：例如，员工在上班前准备工具或下班后整理工作现场时受伤，也属于工伤范畴。
3. 其他法定情形：包括因履行工作职责受到暴力等意外伤害、患职业病、因工外出期间由于工作原因受到伤害等。

二、违章操作与工伤认定的关系

违章操作，即员工在工作中违反了操作流程或相关规章制度的行为，并不是工伤认定的排除条件。从法律条文来看，是否遵守操作规程或规章制度，并不是工伤认定的必要条件。即使员工在工作中违反了相关规程或制度，但只要满足上述的时间地点条件、因果关系条件，并且不存在特定的排除情形（如故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀等），依然可以认定为工伤。

三、不能认定为工伤的特定情形

虽然工伤认定遵循无过错原则，但也存在一些明确不能认定为工伤的情形。根据《工伤保险条例》第十六条的规定，以下三种情形不得认定为工伤或者视同工伤：

1. 故意犯罪：如果员工在实施犯罪行为过程中受伤，这种伤害与工作无关，且违反了法律法规，因此不能认定为工伤。
2. 醉酒或者吸毒：员工在工作时处于醉酒状态或吸食、注射毒品导致的伤亡，也不能认定为工伤。这是因为酒精和毒品会对人的神经系统产生影响，导致行为失控和判断力下降，这种状态下发生的事故与工作本身的关联性被弱化。
3. 自残或者自杀：员工故意伤害自己或自杀的行为，显然与工作无关，是员工自主选择的行为，并非因工作原因导致，因此也不能被认定为工伤。

四、劳动合同中相关条款的效力

劳动合同中规定“违章操作不予认定工伤”的条款，实际上是对员工权益的一种限制，且这种限制与法律法规相悖。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同的内容应当符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。因此，这种条款是无效的，对员工不具有约束力。

五、实际操作建议

在实际操作中，如果员工遭遇工伤事故，无论是否存在违章操作的行为，都应及时向用人单位报告，并尽快申请工伤认定。同时，员工也应收集和保留好相关证据，如医疗记录、事故报告、目击者证言等，以便在需要时提供有力的支持。如果用人单位拒绝承担工伤保险责任或存在其他争议，员工可以向劳动保障部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，劳动合同中规定“违章操作不予认定工伤”的条款是无效的，违章操作并不影响工伤的认定。员工在遭遇工伤事故时，应了解自己的权益和相关的法律程序，并积极维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。