如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，那么通常情况下是不会留下案底的。以下是对这一结论的详细分析：
不起诉决定的类型与影响：
- 法定不起诉（绝对不起诉）：根据《刑事诉讼法》第十六条，若交通肇事行为存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪等情形，检察院会作出法定不起诉决定。由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。
- 酌定不起诉（相对不起诉）：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院从刑事政策和司法效益等方面考虑作出不起诉决定，因此不会留下案底。
- 存疑不起诉（证据不足不起诉）：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条，对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院应当作出不起诉决定。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。
不起诉决定后的司法处理：
- 尽管检察院的不起诉决定通常不会留下正式的犯罪记录，但相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料。这些材料不对外公开，除非有特定的法律程序或规定要求，否则不会对个人的日常生活产生负面影响。
特殊情况下的考虑：
- 在某些特殊情况下，如交通肇事行为虽然未被起诉，但可能涉及行政处罚或民事赔偿等后续问题。这些问题虽然与案底无关，但也可能对个人产生一定影响。因此，在接到不起诉决定后，建议仍应关注相关后续事宜的处理。
建议：
- 如果您或您身边的人遇到了交通肇事案件，并接到了检察院的不起诉决定，可以放心的是，这通常不会留下案底。但为了确保自己的权益得到充分保障，建议仍然关注相关后续事宜的处理，如行政处罚、民事赔偿等。
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