结论：工资多发了但没有直接证据的情况下，起诉的难度较大，但并非完全不可能。关键在于能否通过其他间接证据或法律途径来证明多发了工资这一事实。
分析说明：
直接证据的重要性：
- 在劳动争议中，直接证据（如工资条、银行转账记录、公司承认多发的书面或录音证据等）是证明案件事实的最有力武器。若缺乏这些直接证据，起诉的难度会显著增加。
间接证据的收集与运用：
- 尽管直接证据缺失，但劳动者仍可以尝试收集其他间接证据来支持自己的主张。例如，可以收集与公司财务人员的聊天记录、邮件往来，或者寻找其他同事作为证人，证明公司确实存在多发工资的情况。
- 间接证据需要形成完整的证据链，才能在一定程度上证明案件事实。因此，劳动者在收集间接证据时，应注重证据之间的关联性和逻辑性。
法律途径与程序：
- 若劳动者认为公司确实多发工资，但缺乏直接证据，可以先尝试与公司进行协商，看能否达成一致意见并解决问题。
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查。劳动监察部门在调查过程中，可能会要求公司提供相关证据，从而间接证明劳动者所主张的事实。
- 若劳动监察部门无法解决问题，劳动者还可以考虑申请劳动仲裁或提起民事诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要充分阐述自己的主张，并提交所收集到的间接证据。仲裁机构或法院将根据双方提供的证据和法律规定，作出裁决或判决。
法律建议：
- 加强证据收集：在缺乏直接证据的情况下，劳动者应尽可能多地收集间接证据，并注重证据之间的关联性和逻辑性。
- 及时与公司沟通：在发现工资多发后，劳动者应及时与公司进行沟通，看能否通过协商解决问题。这不仅可以节省时间和精力，还可以避免不必要的法律纠纷。
- 寻求法律援助：若劳动者在收集证据或处理纠纷过程中遇到困难，可以寻求专业律师的法律援助。律师将根据劳动者的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
可能后果：
- 若劳动者无法提供足够证据证明公司多发工资，可能会面临败诉的风险。这意味着劳动者需要承担举证不能的法律后果，即无法追回多发的工资或需要承担其他不利后果。
- 若劳动者能够提供足够证据证明公司多发工资，且公司无法提供相反证据进行反驳，那么劳动者将有可能获得胜诉判决，并追回多发的工资。
行动指南：
- 劳动者在发现工资多发后，应首先尝试与公司进行沟通协商，看能否达成一致意见并解决问题。
- 若协商无果，劳动者应及时收集相关证据（包括直接证据和间接证据），并考虑向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在整个过程中，劳动者应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言辞，以免对自身权益造成不利影响。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。